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[GROMACS] 请问各位老师们关于平底势限制怎么搞?

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本帖最后由 xxx127 于 2025-6-10 12:55 编辑


为什么我对绿色的原子都加了[ position_restraints ]
1   2   5   22   1000
2   2   5   22   1000
3   2   5   22   1000
4   2   5   22   1000
5   2   5   22   1000
……
这个限制,绿色的原子还是会跑到真空区域

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发表于 Post on 2025-6-8 21:38:16 | 只看该作者 Only view this author
这种体系一般也不需要加平底势吧,正常来说不会跑到正空去

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-8 21:46:49 | 只看该作者 Only view this author
mol 发表于 2025-6-8 21:38
这种体系一般也不需要加平底势吧,正常来说不会跑到正空去

跑,而且不少。
请问您知道怎么加吗?

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发表于 Post on 2025-6-9 18:15:07 | 只看该作者 Only view this author
可能你位置限制的参考位置文件没设定对
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-9 20:19:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-9 18:15
可能你位置限制的参考位置文件没设定对

老师 我做出来了,感谢sob老师!

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