amber模拟和gamd求助

亘木 · 发表于 Post on 2025-9-20 17:39:12

  请教各位大佬，不知道到底为什么，已经试着跟官网走过一遍了，蛋白质应该没有问题没有二硫键也没有其他东西就是对单一蛋白进行模拟。
  第一个问题是，模拟完的文件，导入vmd完全看不到东西，frame是0，导入蛋白和轨迹都是这样，但是vmd没显示报错，就说成功导入？
  第二个问题是，进行gamd模拟怎么针对某个区域进行？
  第三个问题是，如果用薛定谔对蛋白进行prewizard，optimizer和minimize再在tleap导入后saveamberparm prmtop incrpd的时候，为什么
会报不存在这种类型的原子的问题，但是pdb文件里面也没有他显示的不规则氨基酸写法，是不是不能这么干？
  下图是所有sander文件的设置以及run.sh的写法，以及nohup的报告和vmd的情况

student0618 · 发表于 Post on 2025-9-20 19:14:38

1. 有可能是轨迹大小问题，试试只加载几个frame看？Amber其实也很建议输出nc轨迹而非巨大的文本型mdcrd
2. GaMD是boost体系的potential，请说明具体需求。要的是否特定目的的GaMD 如LiGaMD/LiGaMD2/pep-GaMD/PPI-GaMD?
3. 这个有些多余哦，Amber自带的tleap已可以直接预备力场文件，之后再跑EM。

亘木 · 发表于 Post on 2025-9-20 20:08:40

student0618 发表于 2025-9-20 19:14
1. 有可能是轨迹大小问题，试试只加载几个frame看？Amber其实也很建议输出nc轨迹而非巨大的文本型mdcrd
2. ...

好的谢谢，我再去试试

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