在环肽纳米管外侧放一分子，求算范德华和静电作用

zhaoxin · 发表于 Post on 2017-3-23 15:25:25

在环肽纳米管外侧的环肽子结构处和，环肽之间放分子，进行模拟，取轨迹分析范德华和静电作用，分子沿管轴对称，为什么范德华和静电作用的结果不对称？求大神解答

sobereva · 发表于 Post on 2017-3-23 15:36:14

没结构不好说。光看你的描述，哪怕体系是对称的，动力学过程产生的轨迹也不会是恰好对称的，结果也会有不对称

zhaoxin · 发表于 Post on 2017-3-23 16:07:33

好的，谢谢sob老师

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-3-24 12:00:29

平衡模拟不对称是很正常的。这种模拟的话可以用自由能计算，比如伞状采样、eABF或者metadynamics，然后你就会得到一个对称的自由能曲线

zhaoxin · 发表于 Post on 2017-3-29 09:48:00

fhh2626 发表于 2017-3-24 12:00
平衡模拟不对称是很正常的。这种模拟的话可以用自由能计算，比如伞状采样、eABF或者metadynamics，然后你就 ...

您好，这是在管外侧的，也可以做自由能曲线吗，像管内那样吗？

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