求助RMSD的分布图如何计算

charmm36 · 发表于 Post on 2023-2-22 21:00:57

各位老师和前辈，我在附件的论文中看到了呈现Gromacs分子动力学模拟后RMSD的分布图，在其他地方没查到绘制方法，特来请教一下怎么绘制？另外，文章的图注里提到“The bin for the distribution is 0.005 nm”，不知道这句话该怎么理解，望指教，谢谢！

Jotaro · 发表于 Post on 2023-2-22 21:28:19

正常计算rmsd得到xvg文件，导入origin中对y列求频数分布，间隔设置为0.005

charmm36 · 发表于 Post on 2023-2-22 21:31:03

Jotaro 发表于 2023-2-22 21:28
正常计算rmsd得到xvg文件，导入origin中对y列求频数分布，间隔设置为0.005

好的好的，非常感谢！

happy青青 · 发表于 Post on 2025-7-5 20:39:21

gmx rms计算的时候加上 -dist rmsd-dist.xvg 即可得到频数分布直方图

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[GROMACS] 求助RMSD的分布图如何计算