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[GROMACS] 在用生成小分子拓扑文件时报错

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本帖最后由 weifang 于 2025-7-5 17:33 编辑

各位老师好!我在使用gromacs生成小分子的拓扑文件时报错,不知道怎么解决,希望有老师可以解答一下

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发表于 Post on 2025-7-6 08:22:55 | 只看该作者 Only view this author
用sobtop产生拓扑文件是十分主流、我最推荐的做法,仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop
很不推荐新人看某些写得不理想的教程用一些偏门、过时、近乎无人问津的做法。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-7 15:37:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-7-6 08:22
用sobtop产生拓扑文件是十分主流、我最推荐的做法,仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop
很不推荐新人 ...

好的,sob老师,用sobtop可以生成淀粉直链片段这种多糖的拓扑吗

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发表于 Post on 2025-7-9 02:46:38 | 只看该作者 Only view this author
weifang 发表于 2025-7-7 15:37
好的,sob老师,用sobtop可以生成淀粉直链片段这种多糖的拓扑吗

也不是不能,用GAFF力场也可以当普通有机分子处理,但终究不如用专用的糖力场理想
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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