求助：Amber运行Charmm-gui生成的脚本遇到非法显存错误，平衡过程显示无法打开rst7...

wait-wu

下面是运行过程，在wsl中安装的Amber。
(amber24) wait@DESKTOP-C09MEFK:/mnt/d/Cry1Ac_ABCC2_MD$ csh -x README
set amber = pmemd.cuda
set init = step5_input
set mini_prefix = step6.0_minimization
set equi_prefix = step6.%d_equilibration
set prod_prefix = step7_production
set prod_step = step7
if ( -e dihe.restraint ) sed -e s/FC/250.0/g dihe.restraint
sed -e s/FC/250.0/g dihe.restraint
pmemd -O -i step6.0_minimization.mdin -p step5_input.parm7 -c step5_input.rst7 -o step6.0_minimization.mdout -r step6.0_minimization.rst7 -inf step6.0_minimization.mdinfo -ref step5_input.rst7

set cnt = 1
set cntmax = 6
set fc = {250.0,100.0,50.0,50.0,25.0}
while ( 1 < = 6 )
@ pcnt = 1 - 1
set istep = `printf ${equi_prefix} ${cnt}`
printf step6.%d_equilibration 1
set pstep = `printf ${equi_prefix} ${pcnt}`
printf step6.%d_equilibration 0
if ( 1 == 1 ) set pstep = step6.0_minimization
set pstep = step6.0_minimization
if ( -e dihe.restraint && 1 < 6 ) then
sed -e s/FC/250.0/g dihe.restraint
endif
pmemd.cuda -O -i step6.1_equilibration.mdin -p step5_input.parm7 -c step6.0_minimization.rst7 -o step6.1_equilibration.mdout -r step6.1_equilibration.rst7 -inf step6.1_equilibration.mdinfo -ref step5_input.rst7 -x step6.1_equilibration.nc

Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_UNDERFLOW_FLAG IEEE_DENORMAL
@ cnt += 1
end
while ( 2 < = 6 )
@ pcnt = 2 - 1
set istep = `printf ${equi_prefix} ${cnt}`
printf step6.%d_equilibration 2
set pstep = `printf ${equi_prefix} ${pcnt}`
printf step6.%d_equilibration 1
if ( 2 == 1 ) set pstep = step6.0_minimization
if ( -e dihe.restraint && 2 < 6 ) then
sed -e s/FC/100.0/g dihe.restraint
endif
pmemd.cuda -O -i step6.2_equilibration.mdin -p step5_input.parm7 -c step6.1_equilibration.rst7 -o step6.2_equilibration.mdout -r step6.2_equilibration.rst7 -inf step6.2_equilibration.mdinfo -ref step5_input.rst7 -x step6.2_equilibration.nc

Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_UNDERFLOW_FLAG IEEE_DENORMAL
@ cnt += 1
end
while ( 3 < = 6 )
@ pcnt = 3 - 1
set istep = `printf ${equi_prefix} ${cnt}`
printf step6.%d_equilibration 3
set pstep = `printf ${equi_prefix} ${pcnt}`
printf step6.%d_equilibration 2
if ( 3 == 1 ) set pstep = step6.0_minimization
if ( -e dihe.restraint && 3 < 6 ) then
sed -e s/FC/50.0/g dihe.restraint
endif
pmemd.cuda -O -i step6.3_equilibration.mdin -p step5_input.parm7 -c step6.2_equilibration.rst7 -o step6.3_equilibration.mdout -r step6.3_equilibration.rst7 -inf step6.3_equilibration.mdinfo -ref step5_input.rst7 -x step6.3_equilibration.nc

Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_UNDERFLOW_FLAG IEEE_DENORMAL
@ cnt += 1
end
while ( 4 < = 6 )
@ pcnt = 4 - 1
set istep = `printf ${equi_prefix} ${cnt}`
printf step6.%d_equilibration 4
set pstep = `printf ${equi_prefix} ${pcnt}`
printf step6.%d_equilibration 3
if ( 4 == 1 ) set pstep = step6.0_minimization
if ( -e dihe.restraint && 4 < 6 ) then
sed -e s/FC/50.0/g dihe.restraint
endif
pmemd.cuda -O -i step6.4_equilibration.mdin -p step5_input.parm7 -c step6.3_equilibration.rst7 -o step6.4_equilibration.mdout -r step6.4_equilibration.rst7 -inf step6.4_equilibration.mdinfo -ref step5_input.rst7 -x step6.4_equilibration.nc

of length = 42Failed an illegal memory access was encountered
@ cnt += 1
end
while ( 5 < = 6 )
@ pcnt = 5 - 1
set istep = `printf ${equi_prefix} ${cnt}`
printf step6.%d_equilibration 5
set pstep = `printf ${equi_prefix} ${pcnt}`
printf step6.%d_equilibration 4
if ( 5 == 1 ) set pstep = step6.0_minimization
if ( -e dihe.restraint && 5 < 6 ) then
sed -e s/FC/25.0/g dihe.restraint
endif
pmemd.cuda -O -i step6.5_equilibration.mdin -p step5_input.parm7 -c step6.4_equilibration.rst7 -o step6.5_equilibration.mdout -r step6.5_equilibration.rst7 -inf step6.5_equilibration.mdinfo -ref step5_input.rst7 -x step6.5_equilibration.nc

  Unit    9 Error on OPEN: step6.4_equilibration.rst7                                                                                                                                                                                          
STOP PMEMD Terminated Abnormally!
@ cnt += 1
end
while ( 6 < = 6 )
@ pcnt = 6 - 1
set istep = `printf ${equi_prefix} ${cnt}`
printf step6.%d_equilibration 6
set pstep = `printf ${equi_prefix} ${pcnt}`
printf step6.%d_equilibration 5
if ( 6 == 1 ) set pstep = step6.0_minimization
if ( -e dihe.restraint && 6 < 6 ) then
pmemd.cuda -O -i step6.6_equilibration.mdin -p step5_input.parm7 -c step6.5_equilibration.rst7 -o step6.6_equilibration.mdout -r step6.6_equilibration.rst7 -inf step6.6_equilibration.mdinfo -ref step5_input.rst7 -x step6.6_equilibration.nc

  Unit    9 Error on OPEN: step6.5_equilibration.rst7                                                                                                                                                                                          
STOP PMEMD Terminated Abnormally!
@ cnt += 1
end
while ( 7 < = 6 )
set cnt = 1
set cntmax = 10
while ( 1 < = 10 )
@ pcnt = 1 - 1
set istep = step7_1
set pstep = step7_0
if ( 1 == 1 ) set pstep = `printf ${equi_prefix} 6`
set pstep = `printf ${equi_prefix} 6`
printf step6.%d_equilibration 6
pmemd.cuda -O -i step7_production.mdin -p step5_input.parm7 -c step6.6_equilibration.rst7 -o step7_1.mdout -r step7_1.rst7 -inf step7_1.mdinfo -x step7_1.nc

  Unit    9 Error on OPEN: step6.6_equilibration.rst7                                                                                                                                                                                          
STOP PMEMD Terminated Abnormally!
@ cnt += 1
end
while ( 2 < = 10 )
@ pcnt = 2 - 1
set istep = step7_2
set pstep = step7_1
if ( 2 == 1 ) set pstep = `printf ${equi_prefix} 6`
pmemd.cuda -O -i step7_production.mdin -p step5_input.parm7 -c step7_1.rst7 -o step7_2.mdout -r step7_2.rst7 -inf step7_2.mdinfo -x step7_2.nc

  Unit    9 Error on OPEN: step7_1.rst7                                                                                                                                                                                                         
STOP PMEMD Terminated Abnormally!
@ cnt += 1
end
while ( 3 < = 10 )
@ pcnt = 3 - 1
set istep = step7_3
set pstep = step7_2
if ( 3 == 1 ) set pstep = `printf ${equi_prefix} 6`
pmemd.cuda -O -i step7_production.mdin -p step5_input.parm7 -c step7_2.rst7 -o step7_3.mdout -r step7_3.rst7 -inf step7_3.mdinfo -x step7_3.nc

  Unit    9 Error on OPEN: step7_2.rst7                                                                                                                                                                                                         
STOP PMEMD Terminated Abnormally!
@ cnt += 1
end
while ( 4 < = 10 )
@ pcnt = 4 - 1
set istep = step7_4
set pstep = step7_3
if ( 4 == 1 ) set pstep = `printf ${equi_prefix} 6`
pmemd.cuda -O -i step7_production.mdin -p step5_input.parm7 -c step7_3.rst7 -o step7_4.mdout -r step7_4.rst7 -inf step7_4.mdinfo -x step7_4.nc

  Unit    9 Error on OPEN: step7_3.rst7                                                                                                                                                                                                         
STOP PMEMD Terminated Abnormally!
@ cnt += 1
end
while ( 5 < = 10 )
@ pcnt = 5 - 1
set istep = step7_5
set pstep = step7_4
if ( 5 == 1 ) set pstep = `printf ${equi_prefix} 6`
pmemd.cuda -O -i step7_production.mdin -p step5_input.parm7 -c step7_4.rst7 -o step7_5.mdout -r step7_5.rst7 -inf step7_5.mdinfo -x step7_5.nc

  Unit    9 Error on OPEN: step7_4.rst7                                                                                                                                                                                                         
STOP PMEMD Terminated Abnormally!
@ cnt += 1
end
while ( 6 < = 10 )
@ pcnt = 6 - 1
set istep = step7_6
set pstep = step7_5
if ( 6 == 1 ) set pstep = `printf ${equi_prefix} 6`
pmemd.cuda -O -i step7_production.mdin -p step5_input.parm7 -c step7_5.rst7 -o step7_6.mdout -r step7_6.rst7 -inf step7_6.mdinfo -x step7_6.nc

  Unit    9 Error on OPEN: step7_5.rst7                                                                                                                                                                                                         
STOP PMEMD Terminated Abnormally!
@ cnt += 1
end
while ( 7 < = 10 )
@ pcnt = 7 - 1
set istep = step7_7
set pstep = step7_6
if ( 7 == 1 ) set pstep = `printf ${equi_prefix} 6`
pmemd.cuda -O -i step7_production.mdin -p step5_input.parm7 -c step7_6.rst7 -o step7_7.mdout -r step7_7.rst7 -inf step7_7.mdinfo -x step7_7.nc

  Unit    9 Error on OPEN: step7_6.rst7                                                                                                                                                                                                         
STOP PMEMD Terminated Abnormally!
@ cnt += 1
end
while ( 8 < = 10 )
@ pcnt = 8 - 1
set istep = step7_8
set pstep = step7_7
if ( 8 == 1 ) set pstep = `printf ${equi_prefix} 6`
pmemd.cuda -O -i step7_production.mdin -p step5_input.parm7 -c step7_7.rst7 -o step7_8.mdout -r step7_8.rst7 -inf step7_8.mdinfo -x step7_8.nc

  Unit    9 Error on OPEN: step7_7.rst7                                                                                                                                                                                                         
STOP PMEMD Terminated Abnormally!
@ cnt += 1
end
while ( 9 < = 10 )
@ pcnt = 9 - 1
set istep = step7_9
set pstep = step7_8
if ( 9 == 1 ) set pstep = `printf ${equi_prefix} 6`
pmemd.cuda -O -i step7_production.mdin -p step5_input.parm7 -c step7_8.rst7 -o step7_9.mdout -r step7_9.rst7 -inf step7_9.mdinfo -x step7_9.nc

  Unit    9 Error on OPEN: step7_8.rst7                                                                                                                                                                                                         
STOP PMEMD Terminated Abnormally!
@ cnt += 1
end
while ( 10 < = 10 )
@ pcnt = 10 - 1
set istep = step7_10
set pstep = step7_9
if ( 10 == 1 ) set pstep = `printf ${equi_prefix} 6`
pmemd.cuda -O -i step7_production.mdin -p step5_input.parm7 -c step7_9.rst7 -o step7_10.mdout -r step7_10.rst7 -inf step7_10.mdinfo -x step7_10.nc

  Unit    9 Error on OPEN: step7_9.rst7                                                                                                                                                                                                         
STOP PMEMD Terminated Abnormally!
@ cnt += 1
end
while ( 11 < = 10 )

student0618

先检查step6.4 的mdout文件和轨迹

wait-wu

student0618 发表于 2025-7-9 11:36
先检查step6.4 的mdout文件和轨迹

step6.4的mdout到RESULT部分就停止了，轨迹文件也只有1kb