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[GROMACS] 计算得到的水溶液中Hgcl2中Hg-O的RDF与实验现象不符,力场参数是否设置有问题

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各位老师好,我最近在算的一个体系,遇到一些问题,期待能得到各位老师的解答。我的体系是第一部分想研究在水溶液中Hgcl2的扩散系数,因此我构建了一个500个水5个Hgcl2的立方体盒子,其中水我使用的是TI3P模型。现在查阅文献已经知道Hgcl2会和3个水分子形成水合分子,我想用这个结论去验证使用所力场参数的可靠性。尝试sobtop自动生成的itp,也尝试根据文献自己写了itp,现在两种itp都分别算完了min,npt和md,但是对md结果进行分析,分析了Hg和O之间的RDF,但是得到的结果好像不大正确。希望能有老师帮忙看一下,谢谢大家了。以及我很疑惑的一点,有文献有说明,Hgcl2和水分子结合后,Hg-cl的键长和键角是会发生变化的,那这部分的力场参数应该怎么去写呢。

Hernández-Cobos 等 - 2012 - Theoretical study of the aqueous solvation of HgCl2.pdf (1.7 MB, 下载次数 Times of downloads: 0)

文献itp.zip (42.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 1) sobtop.zip (43.99 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)




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发表于 Post on 2025-7-16 12:05:43 | 只看该作者 Only view this author
专门研究“Hgcl2和水分子结合后,Hg-cl的键长和键角是会发生变化的” 这种精细问题,建议用CP2K跑DFT的AIMD,而不适合基于力场的动力学
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-16 14:19:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-7-16 12:05
专门研究“Hgcl2和水分子结合后,Hg-cl的键长和键角是会发生变化的” 这种精细问题,建议用CP2K跑DFT的AIMD ...

老师,如果不考虑这个的话,我就只用gromacs跑动力学,这个力场参数写的哪里有问题呀,总是不能很好地和实验的结果匹配

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发表于 Post on 2025-7-17 03:35:54 | 只看该作者 Only view this author
sobtop根本不兼容CHARMM。改成include AMBER力场的forcefield.itp,水模型用此力场目录下自带的itp
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-17 09:57:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-7-17 03:35
sobtop根本不兼容CHARMM。改成include AMBER力场的forcefield.itp,水模型用此力场目录下自带的itp

好的,谢谢社长,我去修改后重新尝试一下

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