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[GROMACS] 求助用cp2k产生的xyz轨迹文件在gmx中做MSD分析的问题

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各位老师们好,我是第15届GROMACS培训班的学员,因为刚接触分子模拟没多久,对于很多计算还处于一知半解的阶段。目前我在做一个AIMD计算,前期用CP2K生成结构的轨迹文件(7ps),后在gmx中通过输入“gmx_mpi msd -s structure-1.gro -f structure-3.trr -trestart 0.05 -endfit 7”进行MSD分析,然后出现了如下报错:


想请各位老师帮忙看一下我的轨迹文件以及gmx输入文件是否正确,并提出宝贵的建议,对于一个新手而言真的表示万分感谢!!附件中是源文件,请各位老师下载查看~


test.zip

311.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

structure-1.trr

336.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

structure-1 (2).gro

1.43 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

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发表于 Post on 2025-7-9 21:13:11 | 只看该作者 Only view this author
去掉 -endfit 7再试
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-10 09:08:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-7-9 21:13
去掉 -endfit 7再试

好的老师,我试一下。感谢您的回复!!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-10 13:41:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 19821838673 于 2025-7-10 13:42 编辑
sobereva 发表于 2025-7-9 21:13
去掉 -endfit 7再试
老师,按照您的提示,我试了一下,最后出现这样的报错,请问可以从哪方面调整呢?
Error in user input:
Too few selections provided

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发表于 Post on 2025-7-10 22:40:53 | 只看该作者 Only view this author
19821838673 发表于 2025-7-10 13:41
老师,按照您的提示,我试了一下,最后出现这样的报错,请问可以从哪方面调整呢?
Error in user input:
...

你得贴出来你在交互式界面里输入的所有内容,并且把窗口截图截完整,体现从最开始到最后的所有信息
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-11 14:42:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-7-10 22:40
你得贴出来你在交互式界面里输入的所有内容,并且把窗口截图截完整,体现从最开始到最后的所有信息



老师,我是在超算中心提交的任务,这是脚本文件,.gro和.trr文件都在前面上传过,最后的输出文件,频繁提示一个错误,如下所示:




非常感谢老师您百忙之中的回复,目前就是以上描述的错误,可以的话请老师帮我检查下前面AIMD的轨迹文件和gmx输入文件是否合理。

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发表于 Post on 2025-7-11 22:44:28 | 只看该作者 Only view this author
19821838673 发表于 2025-7-11 14:42
老师,我是在超算中心提交的任务,这是脚本文件,.gro和.trr文件都在前面上传过,最后的输出文件,频 ...

用下文我提供的gromacs windows版。起码我这里没出现问题
GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法(支持GPU加速)
http://sobereva.com/458http://bbs.keinsci.com/thread-11848-1-1.html

完全没必要在服务器上跑这些后处理分析,徒增麻烦
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-11 22:56:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-7-11 22:44
用下文我提供的gromacs windows版。起码我这里没出现问题
GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法(支 ...

好的老师!每天最开心的事情就是收到您的回复!我在windows版本中运行下!再次感谢卢老师[抱拳]

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-12 17:15:22 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 19821838673 于 2025-7-12 17:16 编辑

老师好~我用了您说的方法在windows下运行了msd分析, 输入命令为gmx msd -s structure.gro -f structure-1.trr -trestart 0.05 -endfit 7 -rmcomm,对Na的MSD进行了拟合,曲线如下图所示:




扩散系数为:D[        Na] 1.4139 (+/- 0.3905) 1e-5 cm^2/s。请老师帮忙看看趋势是合理的吗?


另外,目前项目中要做两个图,在文章中很少见,想让老师您指点下,有没有具体的实现路径。(对应的文章和图片附在附件中)
目前的想法是:第一个图是否可以用7ps的MSD和空间分布函数(您在补充视频里有提及)来作图,文章里的右图暂时还没思路,SI中原始公式是van Hove相关函数。
请卢老师赐教,我将不胜感激!


picture.zip

3.13 MB, 下载次数 Times of downloads: 5

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-14 16:50:14 | 只看该作者 Only view this author
19821838673 发表于 2025-7-11 22:56
好的老师!每天最开心的事情就是收到您的回复!我在windows版本中运行下!再次感谢卢老师[抱拳]

请卢老师抽空指点一下,因为确实有点着急,但是又没什么思路

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