Gromacs运行一段时间后，输出停止更新，但不报错，什么原因

ybch · 发表于 Post on 2022-6-29 10:10:54

本帖最后由 ybch 于 2022-6-29 10:23 编辑

Gromacs运行一段时间后（大约二三十ns，有次70多ns），输出停止更新，但不报错，提交命令用的是gmx mdrun -s topol.tpr -ntmpi 32 -ntomp 1 &，输出文件见附件，求助

chenbq18 · 发表于 Post on 2022-6-29 20:30:57

nohup gmx mdrun -s topol.tpr -ntmpi 1 -ntomp 32 > nohup.log &
用这命令，然后tail -f nohup.log看输出信息

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-29 21:07:22

如果从2L说的nohup.log里也看不出什么有用信息，换成gmx 2021最后一个版本再试
并且注意看停止更新后任务是否还在运行，是自动杀了，还是僵尸状态，还是一直占着CPU资源

ybch · 发表于 Post on 2022-6-29 22:52:42

sobereva 发表于 2022-6-29 21:07
如果从2L说的nohup.log里也看不出什么有用信息，换成gmx 2021最后一个版本再试
并且注意看停止更新后任务 ...

停止更新后，显示还在运行，一直占着CPU资源

xiaoche · 发表于 Post on 2024-6-26 15:59:31

ybch 发表于 2022-6-29 22:52
停止更新后，显示还在运行，一直占着CPU资源

请问楼主最后怎么解决的呢？

chenchen1 · 发表于 Post on 2024-6-26 16:22:10

也遇到了同样的问题，显示Segmentation fault (core dumped)

云隐i · 发表于 Post on 2025-7-15 14:39:26

请问怎么解决了

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[GROMACS] Gromacs运行一段时间后，输出停止更新，但不报错，什么原因