[CP2K] 求助：cp2k计算小分子在气液界面自由能变化时的元动力学参数设置

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yplchem0911

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发表于 Post on 2025-7-26 16:13:36 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

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本帖最后由 yplchem0911 于 2025-7-26 16:13 编辑

各位老师好，
最近刚开始学习cp2k，计算的体系是64个水分子和1个氮气分子，想要计算氮气从气相经过界面转移至水相的自由能变化，因此使用aimd与元动力学增强采样进行计算；
体系使用PBE泛函，DZVP-MOLOPT-SR-GTH基组，集体变量定义的是氮气与水盒子底部的一个水分子的氧原子的z向距离，高斯沉积步频每 70 步一次，高斯高度 0.5 kJ/mol，宽度 0.15 Å，输入文件放在附件内：
1. 想请教一下各位老师有关集体变量的参数设置是否合理？
2. 根据目前xyz文件结果来看，氮气经过的地方水分子就扩散至周边，在中间形成一个没有水分子的坑，导致氮气第二次进入水盒子的时候气液界面情况与初次进入水盒子时采样不一致，请问该如何解决？

主要参考文献如下：

202507261555317336..png (588.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)