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[GROMACS] 求助电解液体系能量最小化得到的gro文件,VMD观察不到Li+

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sob老师您好,本人是计算小白刚上手,学习gromacs比较吃力,在此希望能够得到您的答复!我的电解液体系是使用MS构建的(密度为0.93818,一共4710个原子,其中含有260个四氢吡喃分子,50个双氟磺酰基酰亚胺阴离子,10个硝酸根离子,60个锂离子,均是通过高斯单独优化的),使用Multiwin构建的chg文件,使用sobtop构建的itp文件(锂离子基于UFF力场,四氢吡喃分子使用例二Sobtop (sobereva.com)该方法基于GAFF力场,硝酸根与双氟磺酰基酰亚胺阴离子使用例一Sobtop (sobereva.com)方法),然后top文件均incloud了这四个itp文件,输入结构文件使用的MS转存的PDB格式文件,参数文件使用的 sob老师您推荐的适合绝大部分体系的em.mdp文件,然后正常运行是没有任何报错的,所有相应文件已上传。这里有两个问题想请求sob老师帮忙解答一下。


问题1:运行结束后得到的em.gro文件使用记事本打开是没有原子丢失的,4710个原子的信息都在,其他的原子使用VMD都能够显示,但是却观察不到任何一个锂离子,请问sob老师,这是能量最小化的过程中锂离子丢失了嘛,是结构的不稳定还是em.mdp参数文件不对,我应该如何解决呢?                                   

                             
问题2:我正常运行没有报错,但是最后的结果却离收敛精度相差甚远,是不是由于我的体系过大,原子数过多难以收敛,还是说与问题一相关,参数文件与我的体系很不符合,恳请sob老师解答一下





输入文件: THPelectrolyte.pdb (490.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 0) THPelectrolyte.top (1.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 0) THP.itp (13.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 0) No3-.itp (1.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 0) Li.itp (381 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0) F2No4S2-.itp (5.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 0) em.mdp (390 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

部分输出文件: em.gro (207.03 KB, 下载次数 Times of downloads: 0) em.trr (110.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 0) em.log (15.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)



2.rar

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发表于 Post on 7 day ago | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Stardust0831 于 2025-8-5 15:24 编辑

别自己在标题上写“#求助帖#gromacs#”这种标签。
阴离子和阳离子成对一起加到box里。一开始的box尽可能大一点,最后靠NPT来使体系密度合理;也可以分多批次加这些阴离子和阳离子对,不要一口气全加进去。
http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ4
再顺带一提,在使用Packmol等程序构造离子液体凝聚相模型时,个人比较推荐把阴阳离子对作为一个整体来插入,而不建议阴、阳离子单独插入,否则产生的结构文件里可能恰好有的地方阳离子非常密集、有的地方阴离子非常密集。如果真出现了这种情况,模拟一开始,带相同电荷的离子间会产生强烈的静电互斥,可能造成动力学不稳定甚至崩溃。而阴阳离子作为一对来插入的话,至少保证了每个离子旁边有个相反电荷的离子,不至于出现局部静电互斥特别大的情况。别忘了top里的[ molecules ]字段中离子出现顺序要和结构文件里相一致。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 7 day ago | 只看该作者 Only view this author
Stardust0831 发表于 2025-8-5 15:22
别自己在标题上写“#求助帖#gromacs#”这种标签。
阴离子和阳离子成对一起加到box里。一开始的box尽可能大 ...

非常感谢sob老师的回答!我现在就去试试!

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发表于 Post on 7 day ago | 只看该作者 Only view this author
Wxh18130507355 发表于 2025-8-5 15:44
非常感谢sob老师的回答!我现在就去试试!

我不是sob老师呀hhh
标题记得改掉“#求助帖#gromacs#”这种标签,不然一会sob老师看到了可能会说你

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发表于 Post on 7 day ago | 只看该作者 Only view this author
别试图手写#求助帖#gromacs#这种标签,会扰乱论坛形象。给你去掉了,以后注意
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发表于 Post on 7 day ago | 只看该作者 Only view this author
Li+不该用UFF力场。认真看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ20“FAQ 20:什么物质不适合用sobtop产生拓扑文件?”

1 VMD里用恰当的选择语句对representation进行设置,必定能显示出任何一个原子,仔细看
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html

2 属于老生常谈的问题,认真看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8
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 楼主 Author| 发表于 Post on 6 day ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-5 22:23
Li+不该用UFF力场。认真看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ20“FAQ 20:什么物质不适合用sobtop产生拓 ...

好滴,谢谢sobl老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 6 day ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-5 22:23
Li+不该用UFF力场。认真看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ20“FAQ 20:什么物质不适合用sobtop产生拓 ...

老师您好,我看您说的http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ20这个网址中确实包含有Li+的itp文件,但是在itp里面没有LI+的atomtype参数,这个信息从哪里获取呀?

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Wxh18130507355 发表于 2025-8-6 21:49
老师您好,我看您说的http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ20这个网址中确实包含有Li+的itp文件,但是在 ...

引用AMBER力场目录下的forcefield.itp(里面的nonbonded.itp里定义了Li+的atomtype),以及引用ions.itp
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 楼主 Author| 发表于 Post on 5 day ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-6 23:36
引用AMBER力场目录下的forcefield.itp(里面的nonbonded.itp里定义了Li+的atomtype),以及引用ions.itp

好滴!谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 5 day ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-6 23:36
引用AMBER力场目录下的forcefield.itp(里面的nonbonded.itp里定义了Li+的atomtype),以及引用ions.itp

sob老师,您说的AMBER力场目录下的forcefield.itp,这个网址可以麻烦您分享一下嘛,我没有找到

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Wxh18130507355 发表于 2025-8-7 12:12
sob老师,您说的AMBER力场目录下的forcefield.itp,这个网址可以麻烦您分享一下嘛,我没有找到

gromacs目录/share/gromacs/top下的相应力场目录下

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