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[GROMACS] gromacs关于mdrun -rerun的问题

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求助各位老师,gromacs rerun后,energy 提出两个残基间的LJ和Coul两个项后,荧幕上输出的rmsd tot-drift分别指的是什么?为什么同一轨迹下的两个能量项的rmsd不同?

QQ截图20160527152710.png (8.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 65)

同一个轨迹的r16与r33之间的相互作用能提出了LJ和Coul两个能量项,各自后面的rmsd数值为什么不同?Tot-drif ...

同一个轨迹的r16与r33之间的相互作用能提出了LJ和Coul两个能量项,各自后面的rmsd数值为什么不同?Tot-drif ...

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2#
发表于 Post on 2017-4-5 16:28:34 | 只看该作者 Only view this author
本来这俩能量项数值就不同,rmsd那些当然不同。
rmsd主要反映你考察的量随时间的波动程度,energy drift看https://en.wikipedia.org/wiki/Energy_drift
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-6 10:23:19 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sobereva老师,茅塞顿开啊,之前对rmsd的理解太狭隘了

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