关于使用GROMACS模拟COF结构的疑问

spinel · 发表于 Post on 前天 20:07

请问老师，我参考您sobtop官网的例10，想模拟一个COF材料的动力学，我没有对提示缺少的参数进行补充，打算直接产生动力学的输入文件先简单跑一下，将mol2文件载入sobtop，输入1,2,4,[回车]，[回车]，然后mdp文件也使用官网例子中提供的，运行动力学任务后屏幕提示ERROR: The cut-off length is longer than half the shortest box vector or longer than the smallest box diagonal element. Increase the box size or decrease rlist.请问这个是什么问题呢？相关文件已经在附件中提供。

sobereva · 发表于 Post on yesterday 03:53

X方向盒子尺寸太小，只有区区8.369埃。非键作用的cutoff不能大于盒子最短边长的一半，这是动力学模拟最基本常识之一。当前情况应当在X方向扩胞到足够大尺寸

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