求助：一有机物的水溶液模拟，最小化过程最大受力不收敛

oillio · 发表于 Post on yesterday 14:38

各位老师好，我在进行一有机物的水溶液模拟。依次将有机物与水插到盒子中后进行最小化，最大受力总是不能收敛，不知问题出在哪里，想请教一下各位老师。下面是我的拓扑文件。

C14A3.itp (59.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

em.mdp (392 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0)

opc.itp (1.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

topol.top (375 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2)

oillio · 发表于 Post on yesterday 14:49

此外，烦请老师帮我检查一下我的拓扑文件是否正确。我直接将opc的参数加到了C14A3.itp中的atomtypes，并没有加在amber力场的forcefield.itp中。

用spce水模型就没问题，用opc就会不收敛。我也尝试分开模拟opc和C14A3，都能正常进行，混合在一起就不知是哪里出了问题。

sobereva · 发表于 Post on 8 hour ago

没OPC模拟时对应的体系结构文件没法说，倘若里面的水分子和opc.itp描述的不对应，或者结构文件与top不对应，自然会异常

oillio · 发表于 Post on 3 hour ago

C14A3.gro (3.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

tip4p.gro (58.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

box2.rar (2.8 MB, 下载次数 Times of downloads: 0)

oillio · 发表于 Post on 3 hour ago

sobereva 发表于 2025-8-16 04:18
没OPC模拟时对应的体系结构文件没法说，倘若里面的水分子和opc.itp描述的不对应，或者结构文件与top不对应 ...

老师我已上传结构文件压缩包中的是混合后的体系结构文件如有问题还请您帮我指正一下

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