vmd中怎么让所有原子处在盒子的中央

zhangs · 发表于 Post on 2024-6-25 11:08:13

请教下各位老师，vmd中怎么让所有原子处在盒子的中央，我使用了这个命令后pbc box -center origin -shiftcenter {-1 -1 0}，保存了在打开盒子会发生偏移

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-26 02:59:41

Multiwfn里有现成的在盒子里居中的功能。打开gro文件，处理后再保存gro文件
Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）

MUMBER · 发表于 Post on yesterday 15:23

可以用这段命令：
set a [atomselect top all]
set coor [vecinvert [measure center $a]]
$a moveby $coor

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[VMD] vmd中怎么让所有原子处在盒子的中央