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[VMD] 请问vmd统计氢键时,轨迹应用gmx nojump还是mol处理

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1.请问vmd统计轨迹中某帧氢键时,轨迹应用gmx trjconv nojump还是mol处理
2.vmd统计氢键时,不考虑周期性条件,根据您的经验,通常会带来多大的误差,谢谢~

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发表于 Post on 2023-12-17 02:25:53 | 只看该作者 Only view this author
1 mol
2 盒子体积越大,误差越小(边界分子占总分子数比例越小)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on yesterday 09:56 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lele123 于 2025-8-15 10:19 编辑
sobereva 发表于 2023-12-17 02:25
1 mol
2 盒子体积越大,误差越小(边界分子占总分子数比例越小)

老师,请问-pbc mol和-pbc nojump的区别是什么?大多数情况下,哪个选项更为通用呢?

在蛋白-配体模拟过程中,通常有两种情况:
第一种是配体穿越盒子后,再次与蛋白结合;
第二种是配体穿越盒子后,游离在溶液中。

我看到有人科普说,对于第一种情况,-pbc nojump处理之后,配体会出现在很远的地方,跟结果就有很大偏差
想把计算化学公社装到我的脑子里

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发表于 Post on yesterday 10:40 | 只看该作者 Only view this author
lele123 发表于 2025-8-15 09:56
老师,请问-pbc mol和-pbc nojump的区别是什么?大多数情况下,哪个选项更为通用呢?

在蛋白-配体模拟 ...

nojump 不会限制在盒子内,因此会越跑越远。

mol 把分子变完整,但跑到边界时会跳到另一端。

用哪个真要看目的,不过这种情况用pbc cluster可能更好。
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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发表于 Post on yesterday 10:52 | 只看该作者 Only view this author
student0618 发表于 2025-8-15 10:40
nojump 不会限制在盒子内,因此会越跑越远。

mol 把分子变完整,但跑到边界时会跳到另一端。

好的谢谢解答,cluster这个选项很少有人提到,我研究一下
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发表于 Post on 10 hour ago | 只看该作者 Only view this author
lele123 发表于 2025-8-15 09:56
老师,请问-pbc mol和-pbc nojump的区别是什么?大多数情况下,哪个选项更为通用呢?

在蛋白-配体模拟 ...

北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)这两页幻灯片解释得足够清楚了




北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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