分子对接前处理，PDB上下载的蛋白结构应该将小分子全部删完吗

wqm

大家好，我在PDB上找到一个Nav1.3与BLA的冷冻电镜结构（如图1），从PDB网站上得知，其除了BLA（图2中的966）这个小分子外，还有另外三个小分子（如图2），另外三个小分子是什么呢（看文献也没有提及这几个小分子），它们是一些糖基化修饰和膜蛋白稳定剂等的吗，我在做BLA与Nav1.3对接复现时，应该将这所有的小分子通通删掉，只留下蛋白结构，还是只删掉BLA这一个小分子，剩下的不管呢？恳请各位指点，感谢各位！

   图1
图2

student0618

最好贴原文的图而不是奇怪的机翻哦......

如果目的是某个口袋的对接，其他分子没在gridbox内的话，影响不大。

要跑模拟的话就看文献，有没有cofactors、实际有的修饰，还是全部都是为了稳定结构的。膜蛋白的话哪部分放膜，等。

wqm

student0618 发表于 2025-12-17 11:47
最好贴原文的图而不是奇怪的机翻哦......

如果目的是某个口袋的对接，其他分子没在gridbox内的话，影响 ...

谢谢！图片已做修改，那我如果只做分子对接，只复现BLA所在点位的对接，删不删其他的小分子都行是吧

student0618

wqm 发表于 2025-12-17 14:37
谢谢！图片已做修改，那我如果只做分子对接，只复现BLA所在点位的对接，删不删其他的小分子都行是吧

删了后后续处理更方便，也可能帮忙避免一些报错。其实文本编辑器打开pdb 删除不是蛋白的行就好，就几秒的事。

很多情况后续也要补MD的。

wqm

student0618 发表于 2025-12-17 21:30
删了后后续处理更方便，也可能帮忙避免一些报错。其实文本编辑器打开pdb 删除不是蛋白的行就好，就几秒的 ...

感谢！