求助gromacs伞形采样wham分析出错

chengyuseu

各位老师好，我在伞形采样wham分析时，输入下面的命令
gmx_mpiwham -it tpr.dat -if pullf.dat -o profile.xvg -hist histo.xvg -unit kCal
立马出现右边的警告，生成的profile.xvg文件中的第二列都是“nan”，如下左边图

yhj0219

您好，请问您的“gromacs伞形采样wham分析出错，生成的profile.xvg文件中的第二列都是“-nan”的问题解决了吗？

Gina410412

您好，请问nan报错的问题解决了吗

那年冬天风在吹

请问问题解决了吗？

数据挖掘

那年冬天风在吹 发表于 2024-8-23 10:18
请问问题解决了吗？

-b      <real>             (50)
           First time to analyse (ps)
加上 -b 选项试试。  gmx_mpiwham -it tpr.dat -if pullf.dat -o profile.xvg -hist histo.xvg -unit kCal -b 1

那年冬天风在吹

数据挖掘 发表于 2025-8-21 17:44
-b                   (50)
           First time to analyse (ps)
加上 -b 选项试试。  gmx_mpiwham ...

嗯嗯，感谢

数据挖掘

那年冬天风在吹 发表于 2025-8-22 17:50
嗯嗯，感谢

默认是从50ps 开始分析的，如果你的窗口模拟时长小于50ps 会没有数据，-b 修改开始分析时间。建议延长模拟时长，采样更充分。