如何生成蛋白辅因子6-羟基FAD和NADP的拓扑文件？

liuweb · 发表于 Post on 2025-8-29 12:19:31

本帖最后由 liuweb 于 2025-8-29 18:22 编辑

如题，我下载的蛋白PDB文件中存在6-羟基FAD和NADP这两个辅因子，蛋白部分用论坛中分享的Amber19sb力场可以生成topol文件，但是这两个辅因子我不知道该怎么处理比较合适。是否可以直接从PDB数据库下载辅因子的mol2文件之后，用sobtop来进行处理？原子电荷使用sob老师的脚本计算RESP电荷？
另外，查到Amber官网AMBER parameter database (Bryce Group: Computational Biophysics and Drug Design - University of Manchester)有NADP，如下：

NADP(+)

NADP(+)

这些文件是否可以使用？PREP和FRCMOD点进去之后都是一些文本，我该如何下载使用？求大佬解答。