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计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 量子化学 (Quantum Chemistry) › 使用ma-SVP寻找三肽降解过渡态报错A syntax error was d ...
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[新手求助] 使用ma-SVP寻找三肽降解过渡态报错A syntax error was detected求助

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whitemouse

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发表于 Post on 2025-9-3 13:51:02 | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励 |倒序浏览 Reverse view |阅读模式 Reading model
各位老师好，我在使用m062x/ma-SVP寻找一个三肽降解反应过渡态时，运行如下gjf后报错提示A syntax error was detected in the input line.  -H     0  '，看上去是读取ma-SVP时出现问题，之前我用该基组算过其它反应是没有问题的，因此找不出输入文件的问题，想请各位老师指导一下！
%chk=GRH_ts.chk
%nprocshared=32
%mem=32GB
# opt=(calcfc,ts,noeigen) freq  scrf=smd em=gd3  m062x/gen

Title Card Required

0 1
N(PDBName=N1,ResName=MOL,ResNum=1_X)                 14.39000000   15.99000000   12.07000000
H(PDBName=H2,ResName=MOL,ResNum=1_X)                 13.90000000   15.39000000   11.40000000
C(PDBName=C3,ResName=MOL,ResNum=1_X)                 15.74000000   16.01000000   11.63000000
H(PDBName=H4,ResName=MOL,ResNum=1_X)                 15.91000000   16.59000000   10.71000000
H(PDBName=H5,ResName=MOL,ResNum=1_X)                 16.19000000   15.04000000   11.39000000
C(PDBName=C6,ResName=MOL,ResNum=1_X)                 16.65000000   16.56000000   12.71000000
O(PDBName=O7,ResName=MOL,ResNum=1_X)                 17.34000000   17.57000000   12.47000000
N(PDBName=N8,ResName=MOL,ResNum=1_X)                 16.52000000   16.13000000   13.98000000
H(PDBName=H9,ResName=MOL,ResNum=1_X)                 15.90000000   15.33000000   13.99000000
C(PDBName=C10,ResName=MOL,ResNum=1_X)                16.52000000   17.11000000   15.19000000
H(PDBName=H11,ResName=MOL,ResNum=1_X)                17.05000000   18.02000000   14.91000000
C(PDBName=C12,ResName=MOL,ResNum=1_X)                15.15000000   17.55000000   15.62000000
H(PDBName=H13,ResName=MOL,ResNum=1_X)                14.71000000   18.18000000   14.84000000
H(PDBName=H14,ResName=MOL,ResNum=1_X)                15.19000000   18.28000000   16.44000000
C(PDBName=C15,ResName=MOL,ResNum=1_X)                14.11000000   16.46000000   16.00000000
H(PDBName=H16,ResName=MOL,ResNum=1_X)                14.46000000   15.75000000   16.75000000
H(PDBName=H17,ResName=MOL,ResNum=1_X)                14.01000000   15.83000000   15.11000000
C(PDBName=C18,ResName=MOL,ResNum=1_X)                12.61000000   16.93000000   16.19000000
H(PDBName=H19,ResName=MOL,ResNum=1_X)                12.30000000   17.27000000   15.19000000
H(PDBName=H20,ResName=MOL,ResNum=1_X)                12.55000000   17.81000000   16.83000000
N(PDBName=N21,ResName=MOL,ResNum=1_X)                11.78000000   15.77000000   16.61000000
H(PDBName=H22,ResName=MOL,ResNum=1_X)                10.82000000   16.06000000   16.44000000
C(PDBName=C23,ResName=MOL,ResNum=1_X)                11.75000000   15.43000000   17.81000000
N(PDBName=N24,ResName=MOL,ResNum=1_X)                11.63000000   14.23000000   17.74000000
H(PDBName=H25,ResName=MOL,ResNum=1_X)                10.78000000   13.96000000   17.25000000
H(PDBName=H26,ResName=MOL,ResNum=1_X)                12.31000000   13.76000000   17.14000000
N(PDBName=N27,ResName=MOL,ResNum=1_X)                10.59000000   15.64000000   18.35000000
H(PDBName=H28,ResName=MOL,ResNum=1_X)                10.29000000   15.08000000   19.15000000
H(PDBName=H29,ResName=MOL,ResNum=1_X)                10.54000000   16.55000000   18.80000000
C(PDBName=C30,ResName=MOL,ResNum=1_X)                17.41000000   16.38000000   16.32000000
O(PDBName=O31,ResName=MOL,ResNum=1_X)                17.32000000   16.54000000   17.60000000
N(PDBName=N32,ResName=MOL,ResNum=1_X)                18.40000000   15.45000000   15.94000000
H(PDBName=H33,ResName=MOL,ResNum=1_X)                18.71000000   15.54000000   14.98000000
C(PDBName=C34,ResName=MOL,ResNum=1_X)                18.08000000   14.07000000   16.38000000
H(PDBName=H35,ResName=MOL,ResNum=1_X)                17.03000000   13.88000000   16.62000000
C(PDBName=C36,ResName=MOL,ResNum=1_X)                18.40000000   13.26000000   15.03000000
H(PDBName=H37,ResName=MOL,ResNum=1_X)                18.61000000   12.22000000   15.30000000
H(PDBName=H38,ResName=MOL,ResNum=1_X)                19.33000000   13.58000000   14.53000000
C(PDBName=C39,ResName=MOL,ResNum=1_X)                17.32000000   13.21000000   13.97000000
N(PDBName=N40,ResName=MOL,ResNum=1_X)                16.01000000   13.31000000   14.12000000
C(PDBName=C41,ResName=MOL,ResNum=1_X)                15.50000000   13.05000000   12.97000000
H(PDBName=H42,ResName=MOL,ResNum=1_X)                14.49000000   13.27000000   12.66000000
N(PDBName=N43,ResName=MOL,ResNum=1_X)                16.49000000   12.64000000   12.06000000
H(PDBName=H44,ResName=MOL,ResNum=1_X)                16.30000000   12.35000000   11.11000000
C(PDBName=C45,ResName=MOL,ResNum=1_X)                17.69000000   12.80000000   12.68000000
H(PDBName=H46,ResName=MOL,ResNum=1_X)                18.63000000   12.71000000   12.15000000
C(PDBName=C47,ResName=MOL,ResNum=1_X)                18.90000000   13.74000000   17.67000000
O(PDBName=O48,ResName=MOL,ResNum=1_X)                20.16000000   13.59000000   17.65000000
C(PDBName=C49,ResName=MOL,ResNum=1_X)                13.73000000   17.25000000   11.99000000
H(PDBName=H50,ResName=MOL,ResNum=1_X)                13.72000000   17.58000000   10.95000000
H(PDBName=H51,ResName=MOL,ResNum=1_X)                12.70000000   17.08000000   12.31000000
H(PDBName=H52,ResName=MOL,ResNum=1_X)                14.32000000   17.97000000   12.59000000
C(PDBName=C53,ResName=MOL,ResNum=1_X)                18.21000000   13.19000000   18.90000000
H(PDBName=H54,ResName=MOL,ResNum=1_X)                17.11000000   13.22000000   18.83000000
H(PDBName=H55,ResName=MOL,ResNum=1_X)                18.58000000   12.17000000   19.06000000
H(PDBName=H56,ResName=MOL,ResNum=1_X)                18.38000000   13.88000000   19.74000000
O                                                    17.99877375   15.65376931   12.65726525
H                                                    18.95877375   15.65376931   12.65726525

@/home/ma-SVP.gbs/N


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wzkchem5

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发表于 Post on 2025-9-3 14:23:46 | 只看该作者 Only view this author
检查空行的数目是否正确
检查基组文件的格式（包括换行符的类型）是否正确
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF（https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html）、ORCA（https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php）开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页：http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub：https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生，有意者可私信联系
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whitemouse

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-3 16:11:54 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-9-3 14:23
检查空行的数目是否正确
检查基组文件的格式（包括换行符的类型）是否正确

谢谢老师！我发现删除原子名后的括号里面的PDB相关内容后就可以运行了。
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sobereva

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公社社长
4#
发表于 Post on 2025-9-4 07:52:54 | 只看该作者 Only view this author
没事甭用M06-2X做opt freq，更是严重不推荐结合SMD，典型的自找难收敛和虚频套餐
好好看此文
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557（http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html）
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278（http://bbs.keinsci.com/thread-633-1-1.html）
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

B3LYP-D3(BJ)或wB97XD结合IEFPCM是好得多的选择


牵扯到不小的体系的振动分析，内存不要给得那么抠，下文说了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

北京科音自然科学研究中心（http://www.keinsci.com）致力于计算化学的发展和传播，长期开办极高质量的各种计算化学类培训：初级量子化学培训班、中级量子化学培训班、高级量子化学培训班、量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班、分子动力学与GROMACS培训班、CP2K第一性原理计算培训班，内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路！培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》。
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息，并避免错过网上有价值的计算化学文章！
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群（群号见此链接），合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔，提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog：http://sobereva.com（发布大量原创计算化学相关博文）
Multiwfn主页：http://sobereva.com/multiwfn（十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序）
Google Scholar：https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate：https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
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