NPA分析问题

jshx · 发表于 Post on 2017-1-1 22:35:29

请问
1、pop=npa计算得到的自然电荷数值可以直接用于比较吗？计算过渡态时，能否通过比较反应物，过渡态，产物的自然电荷数值分布判断电子的流向？
2、自然电荷与静电势有什么不同呢，有必要两个方面都分析吗？
谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2017-1-2 01:09:30

1 可以
2 原子电荷是每个原子中心一个数值。有的原子电荷对静电势重现性好，比如CHELPG、ADCH，此时基于原子电荷讨论静电作用和基于静电势函数差不多；有的原子电荷对静电势重现性很烂，如NPA、AIM，因此不适合用于讨论静电相互作用。更多的讨论见《原子电荷计算方法的对比》（http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml）

有的情况则必须用静电势来讨论，用原子电荷讨论完全说明不了问题，卤键就是典型（原子电荷实际上假定电子绕着原子核球对称分布，完全体现不出sigma-hole这种电荷分布各向异性特征，除非引入原子四极矩）。而对下文这种情况，原子电荷也无能为力
静电效应主导了氢气、氮气二聚体的构型
http://sobereva.com/209

jshx · 发表于 Post on 2017-1-2 12:35:17

本帖最后由 jshx 于 2017-1-2 13:12 编辑

谢谢老师.
为什么从分子轨道与自然电荷两个方面分析电子流向是矛盾的呢？
NPA原子电荷适合计算卡宾吗?

sobereva · 发表于 Post on 2017-1-2 17:02:10

jshx 发表于 2017-1-2 12:35
谢谢老师.
为什么从分子轨道与自然电荷两个方面分析电子流向是矛盾的呢？
NPA原子电荷适合计算卡宾吗?

我不知道你怎么用分子轨道分析的。分子轨道不适合分析这种问题。
可以用于卡宾

jshx · 发表于 Post on 2017-1-4 09:15:24

就是判断一下两个反应物反应时，哪个分子用的HOMO轨道，哪个分子用的LUMO轨道。

sobereva · 发表于 Post on 2017-1-4 16:23:25

流向判断以片段电荷为准

登登 · 发表于 Post on 2017-2-8 14:22:14

sobereva 发表于 2017-1-4 16:23
流向判断以片段电荷为准

老师，想判断电子流向不是用CDA吗？您说的片段电荷是不是算电子密度差？有没有直观的方法放在irc里面看反应过程中电子的流向，感觉电子密度差分析有点复杂。

sobereva · 发表于 Post on 2017-2-8 14:43:58

登登发表于 2017-2-8 14:22
老师，想判断电子流向不是用CDA吗？您说的片段电荷是不是算电子密度差？有没有直观的方法放在irc里面看反 ...

CDA的目的是考察不同轨道对电子转移的贡献，以及区分开贡献和反馈两部分。如果你的目的只是考察净转移量，不关注内在细节，就计算片段电荷就完了，这样简单严格。
没有可视化IRC路径上电子流向的方法。可以计算IRC上各个点上原子电荷或片段电荷的变化，绘制成曲线图来分析，横坐标就是反应坐标

登登 · 发表于 Post on 2017-2-8 15:33:09

sobereva 发表于 2017-2-8 14:43
CDA的目的是考察不同轨道对电子转移的贡献，以及区分开贡献和反馈两部分。如果你的目的只是考察净转移量 ...

就是片段的原子电荷简单加和吗？谢谢老师回复

sobereva · 发表于 Post on 2017-2-8 17:08:39

登登发表于 2017-2-8 15:33
就是片段的原子电荷简单加和吗？谢谢老师回复

是

杨小狗 · 发表于 Post on 2017-3-28 16:44:01

本帖最后由杨小狗于 2017-3-28 16:58 编辑

请问使用pop=npa时，分子中各个原子的电荷数值在输出文件的哪里？谢谢
另外，如果使用pop=npa 应用的泛函和基组要与优化所用的一致吗？为什么？谷歌了一下：When the job has completed, use the New Job Using This Geometry button to perform a Single Point calculation at same level of theory with the additional keyword “Pop=NPA”
意思是加入此关键词用的理论等级要与优化一致的单点计算中加入pop=npa

冰释之川 · 发表于 Post on 2017-3-28 19:58:18

本帖最后由冰释之川于 2017-3-28 20:01 编辑

杨小狗发表于 2017-3-28 16:44
请问使用pop=npa时，分子中各个原子的电荷数值在输出文件的哪里？谢谢
另外，如果使用pop=npa 应用的泛函 ...

红框子里的就是NPA电荷，算NPA电荷不需要和优化的级别一致。不过做NPA一般都是类似于B3LYP/6-311G(d)级别的。

sobereva · 发表于 Post on 2017-3-28 23:40:39

杨小狗发表于 2017-3-28 16:44
请问使用pop=npa时，分子中各个原子的电荷数值在输出文件的哪里？谢谢
另外，如果使用pop=npa 应用的泛函 ...

跟优化级别没必要一致

杨小狗 · 发表于 Post on 2017-3-29 14:44:16

冰释之川发表于 2017-3-28 19:58
红框子里的就是NPA电荷，算NPA电荷不需要和优化的级别一致。不过做NPA一般都是类似于B3LYP/6-311G(d) ...

谢谢回答，我曾经使用过cam-b3lyp/6-31+G（d）加入pop=npa 关键词计算自然电荷布居，但是输出文件并没有您给出的图例中红框的数据，是为什么呢？
另外，您给出的基组并没有弥散，如果用B3LYP/6-311++(2D,P)可以吗？

杨小狗 · 发表于 Post on 2017-3-29 14:45:30

sobereva 发表于 2017-3-28 23:40
跟优化级别没必要一致

原来是这样，谢谢老师回答

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[波函数分析求助] NPA分析问题

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