在atomtypes处定义了原子命名后运行gmx grompp，出现bondtypes不识别原子命名的错误

flymetothemoon · 发表于 Post on 2025-9-10 17:04:51

本帖最后由 flymetothemoon 于 2025-9-10 20:00 编辑

各位老师好，

我在修改力场参数时，在atomtypes处已经定义了原子名称,但是运行gmx grompp时出现了

ERROR 1 [file POM.top, line 19]:
Unknown bond_atomtype POMC1

这个错误，我在定义bondtypes时使用的原子名称与atomtypes时使用的一样，应该如何解决这个问题

flymetothemoon · 发表于 Post on 2025-9-10 17:05:31

本帖最后由 flymetothemoon 于 2025-9-10 20:01 编辑

原来在这楼的参数文件被我调整到了帖子内，这楼删不掉了

sobereva · 发表于 Post on 2025-9-10 19:33:57

flymetothemoon 发表于 2025-9-10 17:05
这是我的参数文件

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，导致信息零零碎碎，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

flymetothemoon · 发表于 Post on 2025-9-10 19:59:05

sobereva 发表于 2025-9-10 19:33
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，导致信息零零碎碎， ...

不好意思社长，因为之前传文件的时候选文件的按钮一直不显示，也点不到，可能是edge的问题，之后一定注意

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[GROMACS] 在atomtypes处定义了原子命名后运行gmx grompp，出现bondtypes不识别原子命名的错误

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