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[Multiwfn使用咨询] 电荷密度差的等值面只有青色

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本帖最后由 moiraaa 于 2025-9-6 03:38 编辑

我想得到newSLS和水的电荷密度差值的等值面,于是我用Multiwfn产生水和PAA结合的wfn文件以及两个单体的wfn文件,(指令:先输入newSLS+水一起的wfn文件→5→0→2→“-,D:\gaosi\H2O.wfn”→“-,D:\gaosi\newSLS.wfn”→1→3→2),得到density.cub文件,再将这个cub文件导入Vaste时,等值面只能显示青色(positive和negative),但是当positive时颜色就没了,negative时还是黄色,不知道是为什么,请求各位老师帮助







202509060246085354..png (254.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

positive和negative

positive和negative

202509060245529888..png (127.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

positive

positive

202509060245494619..png (160.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

negative

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发表于 Post on 2025-9-6 16:13:21 | 只看该作者 Only view this author
你这个等值面图本来就是错的,求差的波函数文件里坐标都不对应,因而导致等值面出现了不该出现的位置。注意看下文里nosymm的相关描述
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297http://bbs.keinsci.com/thread-1355-1-1.html


当前无非就是等值面数值之类设置问题。若用不熟VESTA就用下文的脚本通过VMD显示
在VMD里将cube文件瞬间绘制成效果极佳的等值面图的方法
http://sobereva.com/483http://bbs.keinsci.com/thread-13329-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-6 20:43:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-6 16:13
你这个等值面图本来就是错的,求差的波函数文件里坐标都不对应,因而导致等值面出现了不该出现的位置。注意 ...

好的,谢谢社长

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-7 03:24:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-6 16:13
你这个等值面图本来就是错的,求差的波函数文件里坐标都不对应,因而导致等值面出现了不该出现的位置。注意 ...

社长好,我重新添加nosymm的关键词优化了单体和整体(水没有重新优化),然后按照相同的步骤但是得到的是一样的图和结果,这是为什么(单体和昨天的不一样)

202509070322552210..png (382.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

202509070322552210..png

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发表于 Post on 2025-9-7 14:58:07 | 只看该作者 Only view this author
moiraaa 发表于 2025-9-7 03:24
社长好,我重新添加nosymm的关键词优化了单体和整体(水没有重新优化),然后按照相同的步骤但是得到的是 ...

只能优化整体,片段不能重新优化。认真看我的绘制密度差的博文
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-8 17:40:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 moiraaa 于 2025-9-8 18:03 编辑
sobereva 发表于 2025-9-7 14:58
只能优化整体,片段不能重新优化。认真看我的绘制密度差的博文
社长好,但是您在这里计算时,water1和water2并没有写要删除nosymm诶
然后我又用原来的PAA.wfn做了一遍还是不太对
这里只有negative,这是为什么呢


202509081803098514..png (141.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-8 18:20:00 | 只看该作者 Only view this author
moiraaa 发表于 2025-9-8 17:40
社长好,但是您在这里计算时,water1和water2并没有写要删除nosymm诶
然后我又用原来的PAA.wfn做了一遍还 ...

我上传一下文件 PAA.wfn (265.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 1) PAA19.wfn (265.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)



PAA 19.out

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整体out文件

H2O.wfn

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发表于 Post on 2025-9-8 20:06:07 | 只看该作者 Only view this author
moiraaa 发表于 2025-9-8 17:40
社长好,但是您在这里计算时,water1和water2并没有写要删除nosymm诶
然后我又用原来的PAA.wfn做了一遍还 ...

谁让你删nosymm了?本来片段计算就该带着nosymm,删了就大错特错了
认真一个字一个字重新阅读博文、好好理解博文,写得没法更清楚
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发表于 Post on 2025-9-8 20:07:16 | 只看该作者 Only view this author
moiraaa 发表于 2025-9-8 18:20
我上传一下文件

描述问题的时候必须清楚完整,具体在Multiwfn里都输入了什么,一次性描述清楚,使得别人能精确重复出你用Multiwfn获得密度差的cube文件的过程,免得让别人猜你是怎么做的。就随便传四个文件,也不给具体解释,都不知道分别是干嘛的,我拒绝回答。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-8 21:12:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-8 20:06
谁让你删nosymm了?本来片段计算就该带着nosymm,删了就大错特错了
认真一个字一个字重新阅读博文、好好 ...

我明白了,您的意思不是说要删除nosymm,是片段不能在原来没有nosymm的基础上加nosymm重新优化,而是直接nosymm优化片段,对吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-8 21:17:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-8 20:07
描述问题的时候必须清楚完整,具体在Multiwfn里都输入了什么,一次性描述清楚,使得别人能精确重复出你用 ...

好的,社长

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-9 00:57:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-8 20:07
描述问题的时候必须清楚完整,具体在Multiwfn里都输入了什么,一次性描述清楚,使得别人能精确重复出你用 ...

社长好,我想得到PAA和水的电荷密度差值的等值面图,于是我用Multiwfn产生水和PAA结合的wfn文件以及两个单体的wfn文件(输入fchk文件→100→2→5),再去用以下指令:先输入PAA+水一起的wfn文件→5→0→2→“-,D:\gaosi\H2O\SH2O.wfn”→“-,D:\gaosi\PAA\PAA.wfn”→1→3→2,得到density.cub文件,再将这个cub文件导入Vaste时,等值面只能显示黄色(negative),negative时还是黄色,不知道是为什么

我的PAA和水复合的文件以及PAA和水的单体的文件都是用来nosymm重新优化,不是继续优化的


202509090053514244..png (138.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

202509090053514244..png

PAA.wfn

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PAA单体

PAA19.wfn

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PAA和水复合

SH2O.wfn

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水单体

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发表于 Post on 2025-9-9 12:03:23 | 只看该作者 Only view this author
moiraaa 发表于 2025-9-8 21:12
我明白了,您的意思不是说要删除nosymm,是片段不能在原来没有nosymm的基础上加nosymm重新优化,而是直接n ...

片段的坐标必须用复合物里的坐标,不能再优化。认真看下文里“绘制某个体系与组成它的各个片段的密度差图实例”那节的例子,不要做任何多余的事
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113

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发表于 Post on 2025-9-9 12:06:43 | 只看该作者 Only view this author
moiraaa 发表于 2025-9-9 00:57
社长好,我想得到PAA和水的电荷密度差值的等值面图,于是我用Multiwfn产生水和PAA结合的wfn文件以及两个 ...

你传的是三个完全相同的文件
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-10 00:21:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-9 12:03
片段的坐标必须用复合物里的坐标,不能再优化。认真看下文里“绘制某个体系与组成它的各个片 ...

啊,我终于明白了您的意思,谢谢您

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