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[GROMACS] 关于氢键键长和相互作用能的疑问

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楼主
我在水中加入一部分聚合物链,这些聚合物链主要是和水分子以氢键的方式产生相互作用的。我统计体系中水分子之间的相互作用能以及聚合物和水分子的相互作用能,结果是聚合物和水分子的相互作用能显著低于水分子之间的相互作用能,可是为什么我在统计氢键键长分布的时候,得到的结果却是水分子之间形成的氢键的键长距离更长呢?甚至水分子之间形成的氢键的键角也稍大一点点,这个和相互作用能强弱的结果似乎是相反的,为什么呢?

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发表于 Post on 2025-10-17 18:19:51 | 只看该作者 Only view this author
前提不充分,未必有可比性
多少个水分子之间作用、聚合物多大以及是什么结构,都没交代
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-19 13:33:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-10-17 18:19
前提不充分,未必有可比性
多少个水分子之间作用、聚合物多大以及是什么结构,都没交代

卢老师,我的体系中加了1500个水分子,九条纤维素链,纤维素一条链七十多个原子,主要奇怪的地方是体系算出来水和水的相互作用是明显强于纤维素和水分子之间的相互作用的,但不知道为什么水和水的氢键统计出来的键长分布就是更长

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发表于 Post on 2025-10-20 00:17:31 | 只看该作者 Only view this author
Lisy 发表于 2025-10-19 13:33
卢老师,我的体系中加了1500个水分子,九条纤维素链,纤维素一条链七十多个原子,主要奇怪的地方是体系算 ...

没有可比性
水分子那么多,彼此之间氢键还那么显著,当然作用能强于纤维素和水之间的相互作用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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