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[GROMACS] 求助,模拟时盒子和体系发生变形

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为了使截面为六边形的冰模型有完美的周期性,我设置了这样的周期性盒子。结果用gromacs不论是跑最小化还是nvt,都会变成第二张图的情况,截面变形成矩形,盒子角度也发生了变化,图三是nvt参数设置。请问各位老师,怎么让模型和盒子形状模拟的时候保持不变呢?

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发表于 Post on 2022-6-13 15:09:14 | 只看该作者 Only view this author



北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-14 18:42:04 | 只看该作者 Only view this author

非常感谢sob老师,已经修正好了。另外请问,gromacs的培训班的ppt在哪可以买到吗

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发表于 Post on 2022-6-14 18:43:48 | 只看该作者 Only view this author
gkg 发表于 2022-6-14 18:42
非常感谢sob老师,已经修正好了。另外请问,gromacs的培训班的ppt在哪可以买到吗
我的签名里明确给了链接
http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-9-20 23:51:50 | 只看该作者 Only view this author
gkg 发表于 2022-6-14 18:42
非常感谢sob老师,已经修正好了。另外请问,gromacs的培训班的ppt在哪可以买到吗

你好,按照上述命令我尝试了,最后使用vmd查看修正的盒子还是斜着的,还请大佬赐教

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