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[Molclus] 求助,molclus+xtb对含F的萃取配合物结构优化出错

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本帖最后由 随我旅行可好 于 2025-9-26 17:08 编辑

各位老师好,我使用GROMACS进行萃取配合物团簇初始构象的产生,然后使用molclus+xtb进行结构优化和能量计算。图1是GROMACS产生的结构比较符合预期结果,是萃取剂上的P=O和TFSI-的O与Li+配位,然后xtb优化结构的时候,结构就不太对,是TFSI-上的F与Li+配位,然后我换用了MOPAC进行结构优化,可是一个结构需要优化200s太慢了,有什么好方法解决吗

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GROMACS产生(粉色为Li+)

GROMACS产生(粉色为Li+)

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xtb优化(与锂相连的青色原子为F)

xtb优化(与锂相连的青色原子为F)

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发表于 Post on 2025-9-27 02:38:57 | 只看该作者 Only view this author
你没说清楚molclus调用xtb做的具体什么级别的优化,没法回答。GFN0-xTB和GFN2-xTB精度差十万八千里。结构图也看不清楚。对于含离子的体系,溶剂模型下优化建议考虑溶剂模型。
另建议找有代表性的一个初始结构,手动用xtb做优化,看优化轨迹,弄清楚优化过程的结构变化是怎么回事、判断合理性。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-27 22:09:17 | 只看该作者 Only view this author
好的老师,我用GFN2-xTB+溶剂模型试试

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