配合物含有较多可旋转的苯环，使用gentor产生的构象过多，有没有更合适的办法

pikachuupup

请问各位老师，某个配合物结构由一个大的无机金属核心和八个苯环配体组成，八个苯环之间无阻碍且可以自由旋转，我使用gentor使得每个苯环每次按60度的方式旋转，最后产生了1679616个构象，请问老师们，这种情况下有没有什么更高效率的办法呢？

wal

这种就适合md采样吧

student0618

如果是团簇可用genmer，见：

genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html


或跑动力学，参考sob老师的文章：

使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

Uus/pMeC6H4-/キ

取决于苯环位置及结构是否存在空间对称性（比如旋转轴与正八面体的三重轴重合、苯环上2/6号位或3/5号位的取代基相同之类，没有具体结构不好说），总的(360/60)^8个枚举结果里可能有很多重复的等效的构象，甚至精通组合数学者能算出个理论值。如果苯环的确互相独立的话，可以先确认下单个苯环是不是真需要每60度旋转就要考虑个构象。

pikachuupup

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-11-1 11:14
取决于苯环位置及结构是否存在空间对称性（比如旋转轴与正八面体的三重轴重合、苯环上2/6号位或3/5号位的取 ...

谢谢您的回答，这是一个实验上获得的团簇，确实存在苯环旋转使得整体处于某种点群的情况，我是想通过旋转苯环得到最稳定的构象（猜测可能是某个特定点群），如果从这种角度出发，您有什么好的建议吗？

KazusaT

pikachuupup 发表于 2025-11-1 18:27
谢谢您的回答，这是一个实验上获得的团簇，确实存在苯环旋转使得整体处于某种点群的情况，我是想通过旋转 ...

没必要一定要旋转苯环吧，做MD采样就足够了吧
或者如果你只想使苯环有一定的旋转可以冻结/限制其他原子做MD，这样比旋转苯环效率高很多

pikachuupup

KazusaT 发表于 2025-11-2 02:00
没必要一定要旋转苯环吧，做MD采样就足够了吧
或者如果你只想使苯环有一定的旋转可以冻结/限制其他原子 ...

谢谢您，我去试一下