计算台阶图时出现碳正自由基该怎样建模？

jiandan

在计算有机吸附物台阶图过程中，其中一个结构存在碳正自由基，如下图所示：

使用Materials Studio进行建模，其中带碳正自由基的碳与相连呋喃环上的碳是C-C单键，如下图所示：

使用VASP对结构进行优化，固定底部2层Cu原子。INCAR中添加
ISPIN = 2
ENLECT = 752
MAGMOM = 64*0.6 4*0.1 1.8 1*0.1 3*0.3 7*0.3
一共64个Cu原子，6个C原子，3个O原子，7个H原子。其中碳正自由基为5号C（第69号原子）
优化结束后，转化为CIF文件，导入至Materials Studio进行可视化操作，发现带碳正自由基的碳与相连呋喃环上的碳变成了C=C双键，另外，呋喃环上的键同样有所改变。如下图所示：


将初始结构导出为CIF文件，经VESTA转变为POSCAR文件，然后再通过VESTA转变为CIF，再导入至Materials Studio，然后点Calculate Bonds，发现同样出现单键变双键情况，如下图所示：

那么是否可以确认其中单键变为双键是Materials Studio可视化问题？那么是否可以认为优化后的结构是正确的？

pal

单双键根据键长判断，一开始建模的时候是不是就是单纯把单键变成了双键

jiandan

pal 发表于 2025-10-9 14:16
单双键根据键长判断，一开始建模的时候是不是就是单纯把单键变成了双键

谢谢老师回答，初始结构中将含碳正自由基与呋喃环相连的C-C单键键长刻意调成1.501埃，优化后的结构中键长变为1.389埃。那是不是说明是优化的问题？那么应该如何进行建模/设置参数？

pal

有没有试过在没有基底的情况下优化这个分子，能不能得到需要的结构

jiandan

pal 发表于 2025-10-9 19:18
有没有试过在没有基底的情况下优化这个分子，能不能得到需要的结构

谢谢老师，我刚才将初始结构的基底去除掉进行结构优化。但是得到的结果依然是双键。键长变为1.385埃。可能不是基底的原因。