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[GROMACS] 求助模拟外加电场结冰时使用npt系综,体系会被无限制的压缩

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楼主
各位老师,请问一下,我在模拟外加电场结冰时,使用npt系综,体系会被无限制的压缩,这时候应该使用什么系综合适?同时如果不想让放置的冰被击碎,添加posre.itp限制是否可行?

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发表于 Post on 2025-10-15 20:16:13 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “电场下结冰” 改了,以后务必注意!
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-10-15 20:17:47 | 只看该作者 Only view this author
先说清楚当前用的压浴设置、电场是多大

可以
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-16 09:07:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-10-15 20:17
先说清楚当前用的压浴设置、电场是多大

可以

老师,我的压浴设置如下
Pcoupl     = Berendsen
pcoupltype = semiisotropic
tau_p = 0.5
ref_p = 1.01325 1.01325
compressibility = 4.5e-5 4.5e-5

电场设置为5v/nm

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发表于 Post on 2025-10-16 13:44:24 | 只看该作者 Only view this author
Layman 发表于 2025-10-16 09:07
老师,我的压浴设置如下
Pcoupl     = Berendsen
pcoupltype = semiisotropic

尝试更小电场(除非文献里确实用过这么大的)、尝试垂直于界面方向可压缩系数设0
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-16 14:21:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-10-16 13:44
尝试更小电场(除非文献里确实用过这么大的)、尝试垂直于界面方向可压缩系数设0

好的,谢谢老师

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