700个原子的cdxml导入chem3D后闪退

我爱学习2022 · 发表于 Post on 2025-10-16 09:25:51

本帖最后由我爱学习2022 于 2025-10-16 10:04 编辑

各位老师好，最近画了一个体系想算一下HOMO/LUMO，可能是原子数太多，用chemdraw生成的cdxml文件导入chem3D后直接闪退，请问还有没有其他办法可以生成gjf文件呢

zjxitcc · 发表于 Post on 2025-10-16 09:41:30

HOMO不能写成H0M0。是否尝试过直接在ChemDraw里选中整个分子的键线式，然后Ctrl+C/Ctrl+V到Chem3D中，再保存为gjf文件？

我爱学习2022 · 发表于 Post on 2025-10-16 10:04:31

zjxitcc 发表于 2025-10-16 09:41
HOMO不能写成H0M0。是否尝试过直接在ChemDraw里选中整个分子的键线式，然后Ctrl+C/Ctrl+V到Chem3D中，再保 ...

感谢老师提醒，我刚刚尝试过了还是会闪退，但是小一点的体系就是正常的

18217265596 · 发表于 Post on 2025-10-16 10:29:12

这么大原子数如果是非常立体的结构大部分算法估计都困难试试rdkit

sarphuart · 发表于 Post on 2025-10-16 11:11:12

试试将大分子拆分成几个部分，然后在 Chem3D 用不同的窗口分别打开，再新建一个 Chem3D 文件复制粘贴汇总，最后将几个部分化学键重新连接起来，输出文件

我爱学习2022 · 发表于 Post on 2025-10-16 11:31:29

本帖最后由我爱学习2022 于 2025-11-3 11:13 编辑

sarphuart 发表于 2025-10-16 11:11
试试将大分子拆分成几个部分，然后在 Chem3D 用不同的窗口分别打开，再新建一个 Chem3D 文件复制粘贴汇总， ...

非常感谢已经可以了
还有一个问题，我是把片段分成了两部分，拆开之后的结构如果想连成chemdraw里面画的样子是不是只能慢慢手动调整呢

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