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[GROMACS] 如何在gromacs中模拟无机材料,体系是一个多肽吸附在HAP(羟基磷灰石)

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楼主
卢老师,你好,我的体系是一个多肽吸附在HAP(羟基磷灰石)上,用Gromacs进行模拟,我的多肽能够单独正常模拟,而HAP在单独模拟的时候,显示电荷是好几百个,请问老师这种初始构象合理?是不是因为这个电荷的问题导致我能量最小化都没能成功?我是通过MS软件切面扩胞得到的HAP,我应该在切面的时候就要保证电荷为0吗?请老师指教,

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发表于 Post on 2025-10-15 14:35:43 | 只看该作者 Only view this author
发帖时务必注意恰当填写标题!!!
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 8&fromuid=19420
(出处: 计算化学公社)
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-15 15:53:31 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2025-10-15 14:35
发帖时务必注意恰当填写标题!!!
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=9348&fromuid=1 ...

好的谢谢老师,现在可以了吗

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发表于 Post on 2025-10-15 20:36:52 | 只看该作者 Only view this author
“显示电荷是好几百个” 要么拓扑文件里原子电荷定义不对,要么没加抗衡离子,跟构象毫无关系。grompp后看到净电荷不对就根本不该往后做,否则都是白费时间
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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