批量转换指定路径轨迹文件为traj.xyz的小脚本

student0618

0. 前言
最近需要批量进行几百个体系，含多于一个柔性分子的团簇构型搜索和分子构象搜索。由于已知特定要保留的相互作用，使用packmol建模后加了平底势用GROMACS跑、再转换成给Molclus用的traj.xyz。要在集群用VMD 转换几百个轨迹太麻烦，找grok辅助写了个python小脚本作批量处理，在此分享一下。

xtc2xyz.py (2.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

2025-10-21 22:32 上传 Uploaded

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1. 脚本框架

• 读取分别写有tpr文件路径及xtc文件路径的tprfiles.dat及xtcfiles.dat
• 检查两者是否一致
• 每一个tpr/xtc组合，用MDAnalysis加载拓朴及轨迹
• 让MDAnalysis从原子名猜元素名
• 让MDAnalysis将xyz轨迹写入tpr/xtc文件同一子目录的traj.xyz
  

2. 使用方法
2.1. 用Packmol建模、GROMACS跑模拟，具体模拟方法不是重点先跳过，有需要者请搜论坛相关帖文。重点是：

• 每个模拟请分开放一个自己的子目录。
• 为方便处理文件名最好统一。
• 轨迹先处理好，批量trjconv不难的。
  

2.2. 确保Python 3及MDAnalysis库已正确安装。

• 测试用版本为Linux中Conda环境的Python 3.12及MDAnalysis 2.7.0
  

2.3 生成xtcfiles.dat及tprfiles.dat：

• 示例中，所有的gmx tpr文件爲放在任何子目录的search.tpr，search.xtc爲任何子目录中已经处理好的xtc文件
  

1. find -name search.tpr > tprfiles.dat
   
2. find -name search.xtc > xtcfiles.dat

复制代码

• 关于拓朴及轨迹文件格式
  
  • 除了tpr拓朴，也可以用e.g. pdb或gro拓朴，这在部分情况可能较方便。例如用显式溶剂时compressed-x-grps只输出团簇轨迹、可以直接用没加溶剂的pdb/gro当拓朴省去转换的步骤。不过跑gmx一定会用到tpr，所以示例就当是用真空跑的搜索直接用tpr。
  • 理论上，这一个脚本可处理任何MDAnalysis支持的拓朴+轨迹组合而不用作任何修改，只需把拓朴路径连文件名放tprfiles.dat、轨迹路径连文件名放xtcfiles.dat。
    
• 运行脚本
  

1. python xtc2xyz.py

复制代码

• 进度会在Terminal输出。
• 成功后，各traj.xyz文件可以在tpr/xtc同一子目录找到。
  

3. 结语
以上分享了一个批量转换子目录中指定xtc轨迹爲traj.xyz的python脚本，希望可以帮到大家。如有问题请不吝指出。


4. 参考资料

• 使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索 http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
• 分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用 http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html
• Windows系统Gromacs对有机小分子进行分子动力学构象搜索http://bbs.keinsci.com/thread-41215-1-1.html
• MDAnalysis 官网 https://www.mdanalysis.org/
  

5. 鸣谢

• 感谢Grok4辅助、写logging info及解决MDAnalysis 找不到tpr中element的问题。
  

6. 备注

6.1. 使用各程序需正确引用：

• 脚本调用MDAnalysis库需正确引用相关文章。
• 如果使用Packmol请正确引用相关文章。
• 如果使用GROMACS请正确引用相关文章。
• 后续使用Molclus及Multiwfn都要正确引用。
• 后续使用xtb/MOPAC/Orca/Gaussian都要正确引用。
  

6.2. 更新
(Oct 24, 2025) 其他格式: 测试了pdb及gro拓朴，补充用法后从备注移至正文。