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[GROMACS] 跑完md后,轨迹文件中锂离子只是振动没有发生迁移

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sob老师及各位大佬好,在使用gromacs对电解液模型跑分子动力学时遇到一个问题,恳请解答一下!电解液包含有4710个原子(其中包含有260个四氢吡喃溶剂分子、60个锂离子、50个双氟磺酰基酰亚胺阴离子、10个硝酸根离子),建模时将锂盐分子是整体投入到盒子里的,没有拆分开(使用的packmol)在跑完md后使用VMD观察轨迹文件,发现锂离子好像只是保持原位置附近振动,并没有发生迁移,不知道这是什么原因导致的,前面建模以及拟电荷我都是按照sob老师的教程来的,应该是没问题的,能量最小化只是消除不合理结构,也是达到比较高的收敛标准的,按理来说应该也是没问题的,是我的预平衡、md产生相阶段的mdp文件参数设置不对吗?后来我考虑到我在预平衡阶段没有打开gen_vel初速度的设置,改成gen_vel  = yes后发现结果变化不大,仍然保持在同一个数量级。能量最小化、预平衡、md产生相三个阶段使用的mdp文件如下,恳求得到各位老师的指点!


em.mdp (434 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0) md_heat_NPT.mdp (789 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0) md_NPT.mdp (681 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3)











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发表于 Post on 2025-10-17 17:52:45 | 只看该作者 Only view this author
NPT的模拟怎么能用Pcoupl     = no

适当提升温度、给所有原子电荷乘上一定小于1的系数如0.8来削弱静电作用,都可能导致Li+更容易动起来
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-20 10:07:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-10-17 17:52
NPT的模拟怎么能用Pcoupl     = no

适当提升温度、给所有原子电荷乘上一定小于1的系数如0.8来削弱静电作 ...

感谢sob老师的回复!这个md阶段我跑的是NVT系综,只是参数文件的名称没有改成NVT,好滴老师,我按照您说的试一下!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-20 10:11:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-10-17 17:52
NPT的模拟怎么能用Pcoupl     = no

适当提升温度、给所有原子电荷乘上一定小于1的系数如0.8来削弱静电作 ...

请问sob老师,这个“给所有原子电荷乘上一定小于1的系数如0.8来削弱静电作用”需要从一开始进行能量最小化之前进行吗?还是说在跑完能量最小化之后,在跑NPT预平衡之前进行改系数也可以?

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发表于 Post on 2025-10-20 18:42:46 | 只看该作者 Only view this author
Wxh18130507355 发表于 2025-10-20 10:11
请问sob老师,这个“给所有原子电荷乘上一定小于1的系数如0.8来削弱静电作用”需要从一开始进行能量最小 ...

无所谓
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-20 19:32:35 | 只看该作者 Only view this author

好滴,谢谢sob老师!

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