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[波函数分析求助] 用什么描述符可以分析醚类分子的诱导效应

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本帖最后由 Dreamer1 于 2025-10-9 00:45 编辑

老师好,我最近在做关于醚类溶剂分子的抗氧化性的机器学习研究,研究抗氧化性与共轭效应和诱导效应的关系。围绕1600个醚类溶剂分子,我计算了键解离能(BDE)作为抗氧化性的描述符,计算了NBO想通过二阶微扰能作为共轭效应的描述符,那么关于诱导效应的描述符,我还不确定该用什么数据作为诱导的描述符,希望老师能给点建议,谢谢!

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发表于 Post on 2025-10-9 14:13:33 | 只看该作者 Only view this author
先交代清楚诱导指什么,谁对谁诱导,拿个具体体系说事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-11 01:40:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-10-9 14:13
先交代清楚诱导指什么,谁对谁诱导,拿个具体体系说事

谢谢卢老师的回复,我研究的体系是环状醚类溶剂分子,重点关注氧原子与其相邻的 α-C-H 键。诱导效应主要是指氧原子的电负性及其通过 σ 键传递的极化作用,对 α-C-H 键电子云分布的影响。也就是说,在这个体系中,O 对 α-C-H 的诱导效应会改变 C-H 键的极化程度和键能,从而影响氧化时 H 被抽取的难易程度。在这个基础上,想请教老师,该用什么描述符去描述这个诱导效应

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发表于 Post on 2025-10-17 03:18:12 | 只看该作者 Only view this author
Dreamer1 发表于 2025-10-11 01:40
谢谢卢老师的回复,我研究的体系是环状醚类溶剂分子,重点关注氧原子与其相邻的 α-C-H 键。诱导效应主要 ...

用Multiwfn算H的Hirshfeld原子电荷、算O-H的LBO键级或者BCP位置的电子密度
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-6 00:40:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-10-17 03:18
用Multiwfn算H的Hirshfeld原子电荷、算O-H的LBO键级或者BCP位置的电子密度

卢老师,我在批量计算1600个分子的C-H的BCP位置的电子密度时,参考http://sobereva.com/108的教程,通过Multiwfn进入拓扑分析界面后,依次输入2,3,4,7,得到了对应的CPprop.txt文件,里面有所有的临界点的信息。但是我不知道该如何定位到我所想要的那个a C-H的那个部分的BCP电子密度。目前我能知道这1600个分子上我所需要计算的C-H的原子编号,但是对应的BCP位置的编号该如何确定呢?

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发表于 Post on 2025-11-6 08:49:58 | 只看该作者 Only view this author
Dreamer1 发表于 2025-11-6 00:40
卢老师,我在批量计算1600个分子的C-H的BCP位置的电子密度时,参考http://sobereva.com/108的教程,通过M ...

你若要自动计算的话,感兴趣的O、H的序号必须统一
如果能做到统一,写脚本自动时可以让Multiwfn在拓扑分析主功能里用1 Search CPs from given starting points然后2 Using an atom or midpoint of two atoms as starting point的方式搜索,指定那两个原子序号,临界点的初猜就会在那两个原子之间,大概率会收敛到相应的BCP
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-6 16:47:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-11-6 08:49
你若要自动计算的话,感兴趣的O、H的序号必须统一
如果能做到统一,写脚本自动时可以让Multiwfn在拓扑分 ...

老师,现在我这边O,H的序号都是不统一的,但我知道O和H的原子坐标,所以我想了一个办法不知道是否可以:还是基于我上面提到的,结合Multiwfn,进入拓扑界面后依次输入2,3,4,7,得到CPprop.txt文件,里面有所有的临界点的信息。然后基于这个txt文件我用代码进行两步定位(1)筛选出(3,-1)的段落;(2)在(1)筛选后的基础上根据每一个BCP位置坐标去判定是否是我所需要的O,H之间的位置坐标,因为我能知道我的O和H的坐标位置,那么它们之间的BCP的位置坐标数值应该是在这两个原子的坐标之间的,我写一个判定的代码去定位。根据(1)(2)两步定位到我所需要的BCP的那个段落,然后读取对应的电子密度值。卢老师,辛苦您看我这个方法是否可行?

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发表于 Post on 2025-11-7 01:54:06 | 只看该作者 Only view this author
Dreamer1 发表于 2025-11-6 16:47
老师,现在我这边O,H的序号都是不统一的,但我知道O和H的原子坐标,所以我想了一个办法不知道是否可以: ...

自行算出来两个原子间中点坐标(或者考虑到O和H的半径的不同,取更合适的位置),用Multiwfn的拓扑分析功能的1 Search CPs from given starting points里的1 Manually input a starting point直接设置初猜位置,大概率会收敛到相应BCP,然后选项7查看1号CP的属性就完了

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sobereva 发表于 2025-11-7 01:54
自行算出来两个原子间中点坐标(或者考虑到O和H的半径的不同,取更合适的位置),用Multiwfn的拓扑分析功 ...

好的老师,完全明白了!谢谢卢老师的耐心指导!

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