求助：NPT系综模拟原油组分压力、温度波动很大，温度平均值与设置参考值相差较大

kijsan · 发表于 Post on 2024-11-6 21:06:18

本帖最后由 kijsan 于 2024-11-7 09:18 编辑

本人用GROMACS试图模拟原油四组分SARA，体系内总分子数3500左右，原子数180000左右。
分子结构通过gaussview画出，利用ORCA进行结构优化；使用力场为GAFF，RESP电荷由Multiwfn计算得到；拓扑文件由Sobtop按照例2导出。
packmol建立盒子，初始四组分均插入至立方体盒子中。
平衡相和产生相均为NPT系综，V-rescale控温，C-rescale控压。
但最终模拟计算出的压力变化十分巨大，温度变化也很大，而且温度平均值与设定的参考值相差也较大。
希望各位老师能指点一下。

eq.mdp (796 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 6)

prod.mdp (706 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 23)
补充拓扑文件：

拓扑文件.zip (2.52 MB, 下载次数 Times of downloads: 9)

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-7 06:56:32

prod.mdp本身没什么问题
没有体系结构文件、拓扑文件，没法做更多的comment

kijsan · 发表于 Post on 2024-11-7 09:31:13

sobereva 发表于 2024-11-7 06:56
prod.mdp本身没什么问题
没有体系结构文件、拓扑文件，没法做更多的comment

老师您好，谢谢老师的回复。已经补充上传了拓扑文件（.top .itp .pdb .gro）。
在对模拟进行调整测试发现，压力波动剧烈，对应的温度波动也很剧烈。采用NVT系综，温度波动就极小了，基本可以稳定在设定的参考值附近，但这样压力的数值就稳定在一个负值附近了。
从模拟结果上看，NPT系综的盒子尺寸一直在波动，而且计算过程中会出现“pressure scaling more than 1%”的警告。尝试改变tau_t=0.1、tau_p=0.3，结果其压力、温度平均值接近设定参考值，但波动范围仍然较大。
希望老师能指点一下。

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-8 21:30:52

kijsan 发表于 2024-11-7 09:31
老师您好，谢谢老师的回复。已经补充上传了拓扑文件（.top .itp .pdb .gro）。
在对模拟进行调整测试 ...

产生相改用PR或Berendsen压浴试试。虽然C-rescale原理上好，但毕竟比较新，值得尝试更经典的

kijsan · 发表于 Post on 2024-11-8 22:08:43

sobereva 发表于 2024-11-8 21:30
产生相改用PR或Berendsen压浴试试。虽然C-rescale原理上好，但毕竟比较新，值得尝试更经典的

好的，谢谢老师

doh88330 · 发表于 Post on 2025-10-30 22:21:33

您好，看了你的模拟非常受益，但是有个问题请教一下，为什么您选的力场是GAFF，但是在oil.top文件中#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"引用了这个力场的itp文件呢？这两个力场的势能运算规则和各项键能、非键能都是一样的吗？

student0618 · 发表于 Post on 2025-10-30 22:52:59

doh88330 发表于 2025-10-30 22:21
您好，看了你的模拟非常受益，但是有个问题请教一下，为什么您选的力场是GAFF，但是在oil.top文件中#includ ...

general AMBER force field (GAFF) 是属于Amber力场的小分子力场。

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