能量最小化后，VMD里显示分子键断裂，请问是什么情况？

ddkkxx

; Energy minimization with conjugate gradient method
integrator         = cg           ; 使用共轭梯度法
emtol              = 100        ; 收敛阈值 Fmax < 100
emstep             = 0.001        ; 更小步长以提高精度
nsteps             = 50000        ; 增加步数确保充分收敛

; Output control
nstxout            = 0
nstvout            = 0
nstfout            = 0
nstlog             = 500

; Neighbor searching and cutoffs
cutoff-scheme      = Verlet
coulombtype        = PME
rcoulomb           = 1.2
vdwtype            = Cut-off
rvdw               = 1.2
DispCorr           = EnerPres

; Periodic boundary conditions
pbc                = xyz
periodic-molecules = yes

; Constraints
constraints             = none

能量最小化后，VMD里显示分子键断裂，请问大佬们是什么情况呢，是VMD显示问题吗，运行过程中没有报错过

student0618

周期性边界先处理好。

ddkkxx

student0618 发表于 2025-10-31 21:17
周期性边界先处理好。

请问我该如何处理呢

student0618

gmx trjconv -pbc mol
能解决的话这只影响显示。如果拓朴没问题的话，对模拟没影响。

sobereva

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “能量最小化问题” 改了，以后务必注意！