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[CP2K] 跑GFN1-XTB分子动力学温度爆炸

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各位老师好:
     我在用CP2K跑分子动力学的时候碰到了温度上升的非常高,优化十分缓慢的情况,想请教一下大家有没有碰到类似情况以及解决办法。下面是我的结构,通过Packmol生成,依据实验浓度,原子间距不小于2 A.附件是我的CP2K输入文件,采用GFN1-XTB, NVT,前面步骤温度上升的异常的高

2.jpg (510.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

温度变化

温度变化

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CP2K输入

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发表于 Post on 2025-11-7 17:02:15 | 只看该作者 Only view this author
先做NPT把盒子弛豫开再跑NVT试试

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-7 18:36:58 | 只看该作者 Only view this author
玉米猫 发表于 2025-11-7 17:02
先做NPT把盒子弛豫开再跑NVT试试

这样啊,因为我最后是要跑NPT做压裕出数据,我想着先NVT平衡一下再NPT,那这样是不是就直接NPT了

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发表于 Post on 2025-11-9 02:20:54 | 只看该作者 Only view this author
7000多原子用GFN1-xTB跑MD根本不可能跑得动,瞎耽误工夫
如果不牵扯反应,用经典力场跑;如果必须用GFN1-xTB,应当减小盒子,把原子数控制在1000-1500以内
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-10 20:44:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-11-9 02:20
7000多原子用GFN1-xTB跑MD根本不可能跑得动,瞎耽误工夫
如果不牵扯反应,用经典力场跑;如果必须用GFN1-x ...

好的,谢谢社长,这体系添加剂分子数量少,只能把体系维持的比较大。这个体系只涉及结晶,不涉及反应,用PM06合适嘛

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发表于 Post on 2025-11-11 00:21:38 | 只看该作者 Only view this author
Xiaoyuanhui 发表于 2025-11-10 20:44
好的,谢谢社长,这体系添加剂分子数量少,只能把体系维持的比较大。这个体系只涉及结晶,不涉及反应,用 ...

没听说过PM06
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-11 11:07:05 | 只看该作者 Only view this author

PM6 PM6,记错了

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发表于 Post on 2025-11-11 16:43:21 | 只看该作者 Only view this author

CP2K里PM6的耗时和GFN1-xTB半斤八两,没任何使用前者的理由
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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