对于mdp文件中rcoulomb与fourierspacing参数的疑问

Anbling · 发表于 Post on 2023-12-15 20:21:47

本帖最后由 Anbling 于 2023-12-15 21:18 编辑

本人在使用Gromacs进行模拟时，逐步对构建的TIP4P水模型进行能量最小化、nvt、npt、md。
如果能量最小化运行成功，但是nvt时就会报下述的错误。或者nvt成功，npt报下述错。
  The optimal PME mesh load for parallel simulations is below 0.5
  and for highly parallel simulations between 0.25 and 0.33,
  for higher performance, increase the cut-off and the PME grid spacing.
（1）目前一直设置到rcoulomb=2，fourierspacing=0.45。但我对这两个参数仍不太理解。
（2）盒子尺寸也add_box_sides 50到很大
我的整个实现过程是通过inp文件构建所需模型的pdb文件。然后开始minim、nvt、npt。下述为用到的文件。还请各位帮主，希望各位大佬以及老师答疑解惑！

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-15 21:44:41

根本不是报错
别盲目乱改rcoulomb、fourierspacing
力场原文vdwr用多大你就用多大，别盲目改大，又浪费时间又没好处

方不惑 · 发表于 Post on 2026-1-10 09:12:52

sobereva 发表于 2023-12-15 21:44
根本不是报错
别盲目乱改rcoulomb、fourierspacing
力场原文vdwr用多大你就用多大，别盲目改大，又浪费时 ...

老师，如果咱们遇到这种无warning，但有note的情况，咱们还是直接跑，然后等跑完去观测他的运动轨迹，再去下结论到底该去修改还是沿用是吗

sobereva · 发表于 Post on 2026-1-10 22:22:50

方不惑发表于 2026-1-10 09:12
老师，如果咱们遇到这种无warning，但有note的情况，咱们还是直接跑，然后等跑完去观测他的运动轨迹，再 ...

显然要看note的内容，而不是看有没有note。如果只是楼主这样的提示计算性能不理想的note，你觉得无所谓就无视

方不惑 · 发表于 Post on 2026-1-12 08:34:34

sobereva 发表于 2026-1-10 22:22
显然要看note的内容，而不是看有没有note。如果只是楼主这样的提示计算性能不理想的note，你觉得无所谓就 ...

谢谢老师解惑

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