求助pymol保存后结构发生变化

lkd · 发表于 Post on 2025-11-13 17:12:00

请问我在讲酮珞芬和环糊精进行分子对接后，打开对接产物和环糊精的pdb，想做一个复合物的pdb，因为在复合物中对酮珞分进行了加氢和改键（将错误生成的COH改为C=O），保存成pdb再打开（蓝色图片），发现结构自行改变了（绿色图片），请问怎么解决

student0618 · 发表于 Post on 2025-11-13 20:50:32

如果指的是显示的双键变单键就只是显示的问题，pdb没成键讯息，拓朴有成键参数不影响模拟的。

爲了显示要保留成键讯息就用e.g. mol2 或 sdf。

lkd · 发表于 Post on 2025-11-14 10:16:08

student0618 发表于 2025-11-13 20:50
如果指的是显示的双键变单键就只是显示的问题，pdb没成键讯息，拓朴有成键参数不影响模拟的。

爲了显示 ...

好的感谢，我先拿这个结构去试一试

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[分子对接] 求助pymol保存后结构发生变化