sobEDA运行时生成的fragment1.gjf中生成两行电荷+自旋

Oliviaw

下面是生成的fragment1.gjf的内容，按理说下面的0 1行应该是标题行，但是其实我在template.gjf设置的标题行是ABC，不知道为什么会生成下面的fragment1.gjf?但是我发现如果下面的0 1行设置的电荷不对，会造成.log报错，所以我怀疑fragment1.gjf的0 1行不是标题，到底是哪里错了？

%chk=fragment1.chk
%mem=2GB
%nprocshared=8

#p b3lyp/6-31g(d)

  0  1

2 1
C-Bq     3.16556406   -6.21415815    0.75939797
C-Bq     3.74958200   -5.62061001   -1.38944500
C-Bq     2.40505800   -6.21328400   -1.41135100


下面是sobEDA.sh用于编辑fragment i.gjf的命令行：
dos2unix -q fragment.txt
read nfrag < fragment.txt
echo "Number of fragments: $nfrag"
iopsh=0 #Assumed to be closed-shell

for ((i=1;i<=$nfrag;i=i+1))
do
awk 'NR==var' var=$((2*i)) fragment.txt > tmp
read chg multi < tmp
multiarr[$i]=$multi
if (( $multi != 1 )); then
  iopsh=1
fi
if (( $multi < 0 )); then #Remove negative sign
  multi=${multi#-}
fi
awk 'NR==var' var=$((2*i+1)) fragment.txt > tmp
read atom < tmp
echo
echo "Charge and spin multiplicity of fragment $i: $chg $multi"
echo "Indices of atoms in fragment $i: $atom"
rm -f tmp

echo "Generating Gaussian input file of fragment $i via Multiwfn (fragment$i.gjf)"
if (( $iCP == 0 )); then
  $mwfn system.xyz << EOF > read.txt
gi
custom
$chg $multi
$atom
fragment.gjf
q
EOF
else
  $mwfn system.xyz << EOF > read.txt
gi
Bq
$chg $multi
$atom
fragment.gjf
q
EOF
fi
echo "%chk=fragment$i.chk" > tmp.txt
cat tmp.txt fragment.gjf > fragment$i.gjf
rm -f tmp.txt fragment.gjf

sobereva

直接把给sobEDA用的所有文件上传
gjf文件不建议直接贴内容，否则空行可能显示不对造成误会

Oliviaw

我在附件提供了所有文件，只是抹去了坐标。里面的电荷和自璇出现了两行。不知道有没有用

Oliviaw

sobereva 发表于 2025-11-22 01:39
直接把给sobEDA用的所有文件上传
gjf文件不建议直接贴内容，否则空行可能显示不对造成误会

因为要添加附件，我在上楼单独回复了sobEDA所用的文件

sobereva

%mem=2GB
%nprocshared=8
后头别出现空行。若还有问题，和sobEDA官方教程里的例子文件内容对照、互相替换&测试找原因

Oliviaw

sobereva 发表于 2025-11-23 01:05
%mem=2GB
%nprocshared=8
后头别出现空行。若还有问题，和sobEDA官方教程里的例子文件内容对照、互相替换 ...

我删除了空行，现在输入文件格式是对的。