求助MD模拟柔性有机分子时初始构象应当如何选择

Yaocy

各位老师好，我想通过分子动力学模拟一个有机分子的无定型薄膜结构，这个有机分子有一定的柔性导致气相下有两种构象。
构象1中我关注的两个芳香基团BO和Cz距离较远（分居分子两端），构象2中两个芳香基团BO和Cz距离较近并存在pi-pi相互作用（分子折成U型，两端的基团距离较近，该构象能量低）

我分别用这两种构象构建了初始模拟结构（使用Packmol）并在GROMACS中进行MD模拟，在经过22 ns的模拟后统计了体系中每个分子的BO和Cz的距离并绘制分布图如下。可以看到两个体系的分布还是存在明显差异的，请问老师我应当采用哪个体系的模拟结果，是采用能量低的构象2作为初始构象的模拟结果还是应当调整MD模拟方法使得两种初始结构得到相似的距离分布，谢谢

enthalpy

首先，你这22ns 的模拟时长太短了。还有气相（单体）的最低构象未必是凝聚态(聚集体)中最低能量构象，而且其中的单体也可以同时存在多种构象。