gmx_MMPBSA 计算膜蛋白与配体结合自由能 ，如何理解膜的设置

shifan

跑完MD后，用Home - gmx_MMPBSA Documentation (valdes-tresanco-ms.github.io) 计算膜蛋白与配体的结合自由能， 但是 我对于膜的设置一直有疑问，
下图是官网的膜的示意图：

我自己的参数：
memopt=1, emem=7.0, indi=4.0,
mctrdz=0, mthick=40,
indi 是蛋白内部的介电常数, 如果配体上方都是水分子（结合在蛋白口袋比较浅的位置），但是我设置的膜覆盖了 配体上方的区域，
那么 计算结合自由能的时候，程序是把 膜覆盖区域 的介电常数 都当做是 膜的介电常数吗（即emem=7）？
还是说程序特别的智能， 能 检测到 蛋白空腔的区域，而配体在蛋白空腔内，配体周围的介电常数 还是按照 indi =4 计算？
另外还有个问题，膜的中心值（即 mctrdz），是如何确定的？ 我需要提取蛋白的 三维坐标 吗？

Pipi_

博主在运行的时候有遇到这种报错吗？
TypeError: Cannot instantiate an AmberParm from unknown functional