请问CP2K的metadynamics定义两个质心之间的距离为何与实际得到的cv文件不相符

JMY11 · 发表于 Post on 2025-10-15 15:52:45

本帖最后由 JMY11 于 2025-10-15 15:57 编辑

我想得到的是我的硫酸根自由基质心到气液界面水质心这一过程的能量，我定义的是硫酸根自由基质心与气液界面水层的质心它们之间的距离，我这个盒子大小是50埃，水质心大概24埃，根据我放置硫酸根自由基的位置，我的硫酸根自由基与水质心应该也就10几埃，但是我得到的colvar文件，那个值从一开始就是22左右然后逐渐减小，为何这个值会这么大，与我实际定义的距离不一样呢，我的盒子大小也就只有50埃，盒子一半也就25埃，这个cv值起始就22埃了，这个cv值里面的这个距离，与我轨迹文件不相符，这个cv值在到达18时，我的轨迹文件硫酸根自由基已经运动到水面上了

shmshmshm · 发表于 Post on 2025-12-11 11:10:18

您好，请问您这个问题解决了吗？我最近也在学习metadynamics，出现了同样的问题。

wolfli369 · 发表于 Post on 2025-12-11 11:37:34

注意单位是否一致

shmshmshm · 发表于 Post on 2025-12-11 16:13:13

wolfli369 发表于 2025-12-11 11:37
注意单位是否一致

谢谢您，我还想请教您一下，这个单位是在哪里设置，或者说我应该怎样确定单位是否一致？

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[CP2K] 请问CP2K的metadynamics定义两个质心之间的距离为何与实际得到的cv文件不相符

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