计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 13062|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助:1个NH4HSO4和200H2O的混合物模拟出现的问题

[复制链接 Copy URL]

3

帖子

0

威望

367

eV
积分
370

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
各位大侠,我用Packmol生成200个水分子15HSO4-离子,1NH4+离子的混合物,box为[60A*60A*60A], 电荷用的是RESP电荷,结果一跑就出错,单独水滴的我试了下,没有问题,报错如下:不知啥原因?
md.mdp文件如下:
define =
integrator = md
dt         = 0.002  ; ps
nsteps     = 150000 ; 300ps
comm-grps  = system
energygrps =
;
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog  = 500
nstenergy = 500
nstxout-compressed = 1000
compressed-x-grps  = system
;
annealing = single
annealing_npoints = 2
annealing_time = 0 50 ;ps
annealing_temp = 0 298.15
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = group
nstlist = 1
rlist = 0.9
coulombtype   = cut-off
rcoulomb      = 0.9
vdwtype       = cut-off
rvdw          = 0.9
DispCorr      = no
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t   = 0.2
tc_grps = system
ref_t   = 298.15
;
gen_vel  = no
gen_temp = 298.15
gen_seed = -1
;
freezegrps  =
freezedim   =
constraints = hbonds
出错信息如下:
Step 159, time 0.318 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 0.000000, max 0.000000 (between atoms 610 and 609)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
    610    609   77.2    0.3071   0.0973      0.0973
    610    609   77.2    0.3071   0.0973      0.0973
    610    609   77.2    0.3071   0.0973      0.0973
    610    609   77.2    0.3071   0.0973      0.0973
    610    609   77.2    0.3071   0.0973      0.0973
    610    609   77.2    0.3071   0.0973      0.0973
    610    609   77.2    0.3071   0.0973      0.0973
    610    609   77.2    0.3071   0.0973      0.0973
Step 160, time 0.32 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 2.216318, max 2.216318 (between atoms 610 and 609)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
    610    609   90.0    0.0973   0.3129      0.0973
    610    609   90.0    0.0973   0.3129      0.0973
    610    609   90.0    0.0973   0.3129      0.0973
    610    609   90.0    0.0973   0.3129      0.0973
    610    609   90.0    0.0973   0.3129      0.0973
    610    609   90.0    0.0973   0.3129      0.0973
    610    609   90.0    0.0973   0.3129      0.0973
    610    609   90.0    0.0973   0.3129      0.0973
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Step 161, time 0.322 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 0.000003, max 0.000003 (between atoms 610 and 609)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
    610    609   79.4    0.3129   0.0973      0.0973
    610    609   79.4    0.3129   0.0973      0.0973
    610    609   79.4    0.3129   0.0973      0.0973
    610    609   79.4    0.3129   0.0973      0.0973
    610    609   79.4    0.3129   0.0973      0.0973
    610    609   79.4    0.3129   0.0973      0.0973
    610    609   79.4    0.3129   0.0973      0.0973
    610    609   79.4    0.3129   0.0973      0.0973
-------------------------------------------------------
Program:     gmx mdrun, version 2016.1
Source file: src/gromacs/mdlib/constr.cpp (line 167)
MPI rank:    2 (out of 4)
Fatal error:
Too many LINCS warnings (1000)
If you know what you are doing you can adjust the lincs warning threshold in
your mdp file
or set the environment variable GMX_MAXCONSTRWARN to -1,
but normally it is better to fix the problem
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
求各位大侠帮我看看

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112499

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2017-5-10 13:23:07 | 只看该作者 Only view this author
mdp倒没什么问题
要么是拓扑文件的事(可以模拟个单独的NH4HSO4)看看结构是否合理,要么是初始结构的事,比如堆得太密,有不合理接触,能量极小化又没做太充分等。
如果确定上述细节都无误,把dt改为0.001,跑100ps,等体系充分弛豫开之后再换成0.002
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

3

帖子

0

威望

367

eV
积分
370

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-10 13:56:09 | 只看该作者 Only view this author
谢谢 sobereva老师

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-27 12:31 , Processed in 0.180043 second(s), 27 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list