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各位老师好,请教几个关于cp2k分区控制温度跑QMMM MD的问题:
我跑的体系是一个蛋白和小分子的QMMM MD的体系,希望提高QM区的温度,但是MM区的温度依旧保持300K。我根据cp2k官方的manual设置langevin控制温度,inp文件如下代码块的部分,参考:Langevin Dynamics — CP2K documentation,但是langevin跑的是NVT系综。而我注意到在帖子:求助:分子动力学中系综如何选择 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社中,sob老师提到分子动力学若没有特殊理由,就不该用NVT,应该NPT到底。所以我这样的体系是不是不能使用cp2k的langevin控温的做法?如果不合适的话,有没有其他的办法可以分区控温跑QMMM MD?
- &MOTION
- &PRINT
- &RESTART
- &EACH
- MD 1
- &END EACH
- &END RESTART
- &RESTART_HISTORY
- &EACH
- MD 100
- &END EACH
- &END RESTART_HISTORY
- &TRAJECTORY
- &EACH
- MD 20
- &END EACH
- &END TRAJECTORY
- #&VELOCITIES
- #FILENAME ./MWW-TiO2-15-b-grimme-MD
- #&END VELOCITIES
- &END PRINT
- &MD
- ENSEMBLE Langevin
- STEPS 40000
- TIMESTEP 0.2
- TEMPERATURE 310.0
- &LANGEVIN
- Gamma 0.1
- &END LANGEVIN
- &THERMAL_REGION
- DO_LANGEVIN_DEFAULT .TRUE.
- &DEFINE_REGION
- LIST 3121..3144
- DO_LANGEVIN .TRUE.
- TEMPERATURE 310
- &END DEFINE_REGION
- &PRINT
- &LANGEVIN_REGIONS
- &End LANGEVIN_REGIONS
- &TEMPERATURE
- &End TEMPERATURE
- &END PRINT
- &END THERMAL_REGION
- &THERMOSTAT
- TYPE CSVR
- &CSVR
- TIMECON 10.
- &END CSVR
- REGION DEFINED
- &DEFINE_REGION
- MM_SUBSYS ATOMIC
- &END DEFINE_REGION
- &DEFINE_REGION
- QM_SUBSYS ATOMIC
- &END DEFINE_REGION
- &END THERMOSTAT
- &PRINT
- FORCE_LAST
- &END PRINT
- &END MD
- &END MOTION
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