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[CP2K] 求助沸石吸附金属团簇体系CI-NEB计算极慢,设置是否有问题?

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老师们好,我在用 CP2K(PBE-GD3BJ/DZVP-MOLOPT-SR-GTH、OT、64 核、mpirun -np 64)做沸石吸附金属合金团簇的 CI-NEB 任务,体系总共约600个原子,其中大部分是沸石框架的Si O原子,同样级别下体系本身做几何优化收敛大约需要100帧,只需约 2 小时,但我现在的 NEB 任务(NUMBER_OF_REPLICA=16, NPROC_REP=32)已经跑了 13 小时,总输出里 STEP NUMBER 才推进到 3,外层 band 优化几乎不动,直观感觉没有十天半个月算不完,明显比几何优化慢了好几个数量级。我不确定这是 NEB 本身就如此耗时,还是我的设置存在问题(如NEB设置、replica 设置、SCF/OT 参数等),目前任务非常紧急,只剩下一周时间了......因此想请教老师们如何判断是正常慢还是我设置不当。另外,我在考虑采用“GFN1-xTB 先跑 CI-NEB 找到大致 TS 初猜 → 再用 PBE-GD3BJ/ZVP-MOLOPT-SR-GTH 结合 dimer 精修 TS”这样的方案,不知道这种 workflow 在金属簇-沸石体系是否可靠,dimer 找 TS 的耗时相比普通几何优化会明显增加吗、能否显著加快整体进度。恳请老师们帮忙看看我的 NEB 思路与设置是否合理,有无更高效的策略,万分感谢!


附件中Pt4-a2.zip、PtSn4-a2.zip为NEB任务包含除了后缀为wfn的文件外所有涉及计算的输入输出文件,输入文件均由multiwfn生成,replica的插值结构由sobNEB生成
Pt4_a2.inp (39.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 4) PtSn4_a2.inp (39.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 2) Pt4_a2.zip (1.99 MB, 下载次数 Times of downloads: 5) PtSn4_a2.zip (2.47 MB, 下载次数 Times of downloads: 1)




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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-9 11:47:44 | 只看该作者 Only view this author
老师们还有个问题,我发现用GFN1-xTB进行CI-NEB任务的时候会因为SCF不收敛导致任务终止(底物产物结构是已经用PBE优化过的),请问针对CI-NEB任务可以开启IGNORE_CONVERGENCE_FAILURE吗

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发表于 Post on 2025-12-9 14:16:36 | 只看该作者 Only view this author
改成NPROC_REP=4,让所有16个NEB image同时跑
NEB耗时显然比几何优化高一个数量级,得跑那么多image。如果参加过北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/KFP),把里面“过渡态搜索与反应路径的产生”那一节讲的NEB原理和CP2K的NEB相关的计算机制好好复习复习,讲得极其深入、全面、清楚。
workflow可以尝试。PBE-GD3BJ/ZVP-MOLOPT-SR-GTH必须写成PBE-D3(BJ)/DZVP-MOLOPT-SR-GTH,注意书写的严谨

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-9 14:51:25 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 MVK 于 2025-12-9 19:55 编辑
sobereva 发表于 2025-12-9 14:16
改成NPROC_REP=4,让所有16个NEB image同时跑
NEB耗时显然比几何优化高一个数量级,得跑那么多image。如果 ...

谢谢sob老师 这个ddl只有一周了 我姑且直接用GFN1-xTB跑了

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发表于 Post on 2025-12-9 16:43:15 | 只看该作者 Only view this author
MVK 发表于 2025-12-9 14:51
谢谢sob老师 这个ddl只有一周了 我姑且直接用xtb跑了

不要乱用xtb这个词,认真看下文“搞清楚xtb和GFN-xTB是什么” 部分
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-9 19:55:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-12-9 16:43
不要乱用xtb这个词,认真看下文“搞清楚xtb和GFN-xTB是什么” 部分
计算化学中的一些常见不良写法和用词 ...

抱歉老师已修改qwq

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