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[VMD] 锂电解液中离子网络和水氢键网络如何绘制

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求助各位老师,我用lammps模拟得到轨迹文件,如何才能得到类型于下面这幅图的离子网络和水氢键网络示意图?用vmd还是ovito等其他软件?详细步骤是怎样的?


202512042038551128..png (885.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

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发表于 Post on 2025-12-5 12:07:21 | 只看该作者 Only view this author
根本没显示出什么所谓的网络。纯粹是VMD里把Na和water两个组用quicksurf风格显示而已
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-5 15:45:43 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 aipacino 于 2025-12-5 17:00 编辑
sobereva 发表于 2025-12-5 12:07
根本没显示出什么所谓的网络。纯粹是VMD里把Na和water两个组用quicksurf风格显示而已

谢谢老师,我尝试了一下感觉一点也不好看:

那这篇文章提到的离子网络和水氢键网络还有更好的表达方式吗,参考文献是:
10.1021/jacs.8b07696

202512051700544282..png (300.36 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

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发表于 Post on 2025-12-15 16:51:45 | 只看该作者 Only view this author
aipacino 发表于 2025-12-5 15:45
谢谢老师,我尝试了一下感觉一点也不好看:

那这篇文章提到的离子网络和水氢键网络还有更好的表达方式 ...

不如用aNCI给出相互作用区呢。

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