求助Gromacs跑单纯一种分子无法能量最小化，能量无法收敛到10以下

paperz

请问各位老师，使用Gromacs跑单纯一种分子无法能量最小化，能量无法收敛到10以下，请问是什么原因，100个分子，40 40 40 Å3盒子，而且进一步eq时也无法平衡，最终产生相也崩了。附件如下：

SharkYYX2025

第一个原因可能是em的问题。但是我看了em之后的结构似乎没有不合理接触。然后我拿你原始pdb做了下能量极小化，先emtol  = 100  emstep = 0.01，用这个gro再emtol  = 100 emstep = 0.001，再emtol  = 100 emstep = 0.0001，优化完了比你受力低点。你可以拿这个gro试试做prod   new em.zip (357.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

2025-12-24 15:08 上传 Uploaded

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    不用收敛到10, 50 100差不多
第二个原因是产生相的问题，这个概率大。可以看Sobtop  FAQ 8讲的模拟崩溃的原因   http://sobereva.com/soft/Sobtop/
建议是减小步长到0.0005，把gen-temp改低点。
第三个原因是拓扑文件的问题，概率小。可以看Sobtop使用说明。你这个体系拿GAFF产生itp估计可以。但是，我之前做一个含有P-O P-C键的有机分子，拿GAFF产生参数，模拟就是一直崩。我改成力常数全基于Hessian计算，就好了，所以这个仅供参考，不是必须


但是我看你传的eq里面xtc轨迹正常，分子形状正常，设的步数也跑完了。为什么是崩了。。。用VMD dynamicbonds显示看起来挺好的。仅仅是部分分子被盒子截断了，不是分子裂开来了

paperz

SharkYYX2025 发表于 2025-12-24 15:11
第一个原因可能是em的问题。但是我看了em之后的结构似乎没有不合理接触。然后我拿你原始pdb做了下能量极小 ...

这个问题最后md的时候没有显示计算完成，也没有生成gro文件就结束了，所以我感觉是崩了。谢谢帮助。后面我研究发现是mdp文件设置的不合理，现在已经生成gro文件了，模拟过程改成了emtol=100，整个过程也没有报错了。