计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 79|回复 Reply: 1
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[VMD] 求助:关于自由体积等值面的显示问题

[复制链接 Copy URL]

214

帖子

0

威望

854

eV
积分
1068

Level 4 (黑子)

请问我用Multiwfn导出这个cub文件想显示自由体积等值面,为什么在VMD进行了这一番设置后自由体积等值面没有显示出来呢?

SiO2.png (244.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

SiO2.png

VMD显示.png (181.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

VMD显示.png

cub.zip

42.6 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124668

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2026-1-13 00:35:37 | 只看该作者 Only view this author
当前体系是致密的,根本没有显著的孔洞,自然默认设置下无法根据下文得到描述自由体积的等值面
使用Multiwfn计算晶体结构中自由区域的体积、图形化展现自由区域
http://sobereva.com/617http://bbs.keinsci.com/thread-25241-1-1.html

唯一能显示出来的方式是参考下文的说明,自己把原子半径改小
使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域
http://sobereva.com/539http://bbs.keinsci.com/thread-16491-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-23 20:07 , Processed in 0.207843 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list