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[CP2K] 请问在超算上提交cp2k.slurm,计算过程全是编译错误的文字指示怎么办?

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本帖最后由 以玉名诗 于 2026-1-7 08:59 编辑

各位老师好,学校超算的cp2k未编译好,自行编译后参考了其他平台的slurm文件进行了编写,以进行cp2k任务的提交。最终使用一个Si晶胞输入文件测试后,输出文件中为编译错误的文字指示,请老师帮忙检查下,是否是我的cp2k.slurm和env.sh文件设置有误呢?

cp2k.slurm

492 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 8

cp2k_psmp_11706.err

735 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 7

错误文件

cp2k_psmp_11706.out

72.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 7

输出文件

env.sh

852 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3

Si_GPW.inp

2.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

输入文件

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发表于 Post on 2026-1-7 03:55:17 | 只看该作者 Only view this author
报错为“No OpenFabrics connection schemes reported that they were able to be used on a specific port.  As such, the openib BTL (OpenFabrics support) will be disabled for this port.”,可能与OpenMPI有关。可以在论坛或google上检索相关信息

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发表于 Post on 2026-1-7 04:11:17 | 只看该作者 Only view this author
不要乱用“乱码”这个词
SCF WAVEFUNCTION OPTIMIZATION

  Step     Update method      Time    Convergence         Total energy    Change
  ------------------------------------------------------------------------------
[1767690260.748599] [jsa06:3808269:a]       ib_device.c:468  UCX  WARN  IB Async event on mlx5_0: GID table change on port 1
[1767690260.747071] [jsa06:3808270:a]       ib_device.c:468  UCX  WARN  IB Async event on mlx5_0: GID table change on port 1
[1767690260.750274] [jsa06:3808271:a]       ib_device.c:468  UCX  WARN  IB Async event on mlx5_0: GID table change on port 1
这哪叫乱码,明明是文字提示

当前编译有问题

另外,除非设置了OMP_NUM_THREADS环境变量,否则不要用psmp版
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-7 08:59:49 | 只看该作者 Only view this author
KazusaT 发表于 2026-1-7 03:55
报错为“No OpenFabrics connection schemes reported that they were able to be used on a specific port ...

谢谢老师,我去找找相关方向的内容

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-7 09:01:08 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 以玉名诗 于 2026-1-7 09:45 编辑
sobereva 发表于 2026-1-7 04:11
不要乱用“乱码”这个词
SCF WAVEFUNCTION OPTIMIZATION

谢谢老师,已对“乱码”表述进行修改。同时使用popt版本
经过在命令行直接进行
module load mpi/openmpi/4.1.1  cd ~/liyingjie/case/mpirun -np 4 cp2k.popt Si_GPW.inp


发现计算进行成功了,于是对cp2k.slurm进行简化,去掉了env的内容,同样也成功了,感谢老师的帮助!

202601070936561392..png (42.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

cp2k.slurm

cp2k.slurm

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